基因组组装软件SOAPdenovo的使用方法

软件下载地址：可下载地址：https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2

soapdenovo组装可以一步跑完，也可分四步跑完，但是一般还是选择比较简单的一步：

一步跑完的脚本:

./SOAPdenovo all -s config_file -K 25 -R -D 1 -d  -o graph_prefix

四步单独跑的脚本:

./SOAPdenovo pregraph -s config_file  -K 25 -R -d 1 -p -o graph_prefix

./SOAPdenovo contig   -g graph_prefix -R -D 1 -M 1

./SOAPdenovo map      -s config_file  -g graph_prefix -p  -f

./SOAPdenovo scaff    -g graph_prefix -F -u -G -p

 

用一步跑完的话第一个参数跟all就行，分开跑的话就依次跟pregraph、contig、map 、scaff就行。

 

参数说明：

all:

     -s  <string>      solexa reads 的配置文件

     -p  <int>         程序运行时设定的cpu线程数，默认值[8]

 

pregraph: 

    -o  <string>      图形输出的文件名前缀 

    -K  <int>         输入的K-mer值大小，默认值[23]，取值范围 13-127 #K-mer值必须是奇数；组装杂合子基因组的K-mer值应该小一点；组装含有高repeats基因组且要求其有高的测序深度和长的reads,的K-mer应该大一点。

    -a  <int>         假设初始化内存， 为了避免进一步的再分配，默认[0]G

    -d  <int>         去除kmers频数不大于该值（kmerFreqCutoff）的k-mer，默认值[0] ##最小化错误测序带来的影响

    -R  (optional)    利用read鉴别短的重复序列，默认值[NO]

 

 

contigs：

      -g  <st