Annovar报错: `Argument “G“ isn‘t numeric in numeric eq (==) at ./annotate_variation.pl line 2583, ＜DB＞

已于 2023-09-07 09:02:20 修改
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分类专栏： 生物信息 文章标签： 数据库
于 2023-09-07 09:00:44 首次发布
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如何解决Argument “G” isn’t numeric in numeric eq (==) at ./annotate_variation.pl line 2583, line 768929的Annovar软件报错.

当我们尝试使用Annovar软件（下载链接：https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/）中提供的数据库如千人基因组1000genome（下载链接：http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/hg19_1000g2012apr.zip
）注释VCF的时候，遇到如下错误：

Annovar注释的bug
这种状态其实是没有在注释的，而且不会得到注释结果，是错误的状态。

那么如何解决那？解决方案如下：

首先我们将下载好的数据，是需要解压缩的，如我们下载的zip压缩文件hg19_1000g2012apr.zip，在linux环境下我们使用unzip命令将其解压。解压之后得到许多零碎的txt格式的文件，如下：

在这里插入图片描述</

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