BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [nt] in search path解决办法

Blast网页版做生物信息的应该都用过，输入你想比对的序列或者fasta文件提交网页就能出来结果。

但如果你想用blast的命令行模式，用法会跟网页版非常不一样。新手会遇到很多问题，遇到频率最高的应该就是我这篇文章想说的问题BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [nt] in search path。

你搜索百度或者谷歌的话，几乎没什么关于这个问题的QA，有的话解决办法说得也是不明不白。

其实这个错误说得是blast没有找到你的index文件，有两个解决办法。1.手动建库索引。2.下载preformated database。

手动建库索引的话，需要使用blast自带的模块makeblastdb，使用方法如下：

makeblastdb -in gzy191029C.gzy19102852_g_PK.realigned.recal.factera.blastquery.fa -dbtype nucl -input_type fasta -out dna

上面的是dna序列比对，如果你是想比对protein序列的话，需要替换-dbtype参数为prot，-out是个比较重要的参数，设置一个你喜欢的名字并记住，我这里命名为dna，后面需要用到这个名字。

如果这一步没报错的话，会生成几个文件，nhr，nin，nsq。

下面就可以比对了，

blastn -query gzy191029C.gzy19102852_g_PK.realigned.recal.factera.blast