生物信息之基因组,转录组,蛋白质组学全面教程(第1节课):生物信息基础知识
同学们好,接下来介绍一下学习本课程的基础。
学生应该有的背景:
数学
统计学
计算机
纯生物学
准备或者已经在学习生信硕士课程(包括海外各大学,非常推荐,优先推荐比利时,德国等国家。优点是几乎无学费,但需要学会德语及法语等小语种)。
订阅本专栏之后,在申请海外院校的硕士时,可以得到作者的亲身指导哦。
本教程包含的知识范围:
数学
统计学
计算机科学
生物学
首先明确一下我们为什么学习生物信息。
随着二代测序,三代测序,甲基化测序等测序手段的飞速进步,测量一个人的DNA,RNA,Protein信息变得异常廉价。进而导致生物信息数据呈现指数增加。如何分析这些海量的数据,得到对我们有用的信息是生物信息从业者的核心任务。
我适合学生物信息吗?
生物信息从字面上理解是生物学和信息学的交叉学科。但首先我们必须喜欢生物学,否则你会觉得寸步难行。
好的既然你已经喜欢上了生物学,那么你喜欢计算机,数学和统计学么?
你的回答可能模模糊糊,有的人甚至已经开始打退堂鼓。数学啊,我上大学时高等数学好不容易补考才过那,同学们心里可能这么想 ☺。这里喜欢并不是必须的,有很多生物信息从业者平时几乎不用数学,而且对于这些学科的兴趣是可以慢慢培养的。如何培养那?通过使用数学,计算机等实践解决了生物信息问题,这会给同学们带来成就感和新鲜感,逐渐的变成习惯,从而最终喜欢上这些理学知识。当然这只是理想情况。
常见的生物信息工具类型。
工欲善其事必先利其器。为了解决生物信息问题,我们需要挑选适合我们的工具或者编写自己的工具,但是在学习的初级阶段几乎不可能。工具的类型大体上分为网页版APP,命令行APP和编程语言如python,R,C++等三种。
网页版APP,带用户界面的电脑或者手机APP。 不需要懂得编程语言,一般总能确保使用的是最新版本工具,总体使用难度低。通常一键运行或者阅读user manual就能运行工具。可以轻松访问很多大型数据库。
常见的网页APP如下:
Genome browsers
(NCBI, UCSC,
Ensembl)
(Partek, MEGA,
RStudio,
BioMart,
IGV),Galaxy
命令行APP,程序语言R,C++或者python。常见的如GATK等。相比较网页版工具的优势是灵活性,可以清晰的梳理分析过程,可以处理大型文件而不用担心有的文件过大比如几十个GB无法上传网页的问题,不受网络环境比如网速或者有的国外域名限制中国IP登录等问题。
生物信息从业者的日常工作内容。
- 生物信息工程师(薪资10K-25K)
编写脚本处理日常运算或者数据库增删改查,维护服务器生成任务的正常运行,阅读生物信息算法文献。