GRCh38参考数据分析流程（转）

最新推荐文章于 2024-08-31 17:30:10 发布
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RNA-Seq数据分析流程
bio_meimei的博客
11-03 1万+
文章目录RNA-seq 数据分析流程相关软件安装下载数据sra转fastq格式数据质控数据质控，过滤低质量reads，去接头比对首先下载参考基因组及注释文件，建立索引比对sam文件转bam为bam文件建立索引reads的比对情况统计计数 counts差异基因分析 RNA-seq 数据分析流程 相关软件安装 可以安装 conda,在后续其他软件安装时非常好用。可自行百度进行安装 可根据文献调研，转录组数据分析所需软件列表： 质控 fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt
WGS数据分析处理流程
weixin_43865392的博客
04-30 4695
1.拿到数据后先检查数据是否完整。用md5sum命令。 #生成md5文件 ls KPGP*| while read KPGP; do echo $KPGP;md5sum ${KPGP} >> ${KPGP}.md5; done #检查完整性，全部显示OK即可 md5sum -c *.md5 2.对数据进行质检。 #质检 nohup fastqc -o /data/XXXX/WGS/...
GATK使用说明-GRCh38（Genome Reference Consortium）（二）
weixin_33696106的博客
12-19 1531
Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don’t know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now t...
GRCh38基因组和注释文件探究
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03-28 1535
ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's/\;//g' | cut -f2,6,8 -d" " | sort | uniq > GRCh3...
人类参考基因组38版与19版有什么区别？
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wyhua2008的博客
08-31 3064
已有研究表明，GC含量会影响Illumina测序的效率，并影响后续的分析，如CNV的检测，而CNV的检测严重依赖于深度覆盖。文章还指出，GRCh38在基因组分析中的准确性和可靠性的提高，不仅得益于基因组组装的改进，还得益于参考基因组中的多样性。与GRCh37相比，GRCh38改变了8000个bp，纠正了几个错误组装的区域，填补了空白，增加了着丝粒序列，在178个区域组装了261条alternate loci，丰富了基因组的多样性。在检测的24条染色体中，16条GRCh38的核苷酸计数减少，8条增加。
【纯代码分享】Salmon基于GRCh38的转录本与基因水平的定量
学生信的大叔的博客
10-08 256
【纯代码分享】Salmon基于GRCh38的转录本与基因水平的定量
基因数据处理5之GRCH38数据源和查看信息
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03-11 1万+
数据源： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz 可以用ftp或者wget 解压： gzip -d GCA_000001405.15
基因数据处理83之移动GRCH38Index到每个节点
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12-26 1259
1.从cloud/adam移出到xubo/ref:hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ mkdir -p ~/xubo/ref/GRCH38Index/ hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ mv GCA_000001405.15_GRCh38/* ~/xubo/ref/G
构建index所需的参考基因组以及各种版本的注释文件
菠萝西斯的博客
05-10 2万+
文章目录一、参考基因组1. UCSC2.读入数据二、使用步骤总结 一、参考基因组 Mapping or Alignment，是测序分析中重要的步骤。笼统的说，这一步骤就是把reads贴到参考基因组或转录组构建的index上的过程。那么，构建index，必不可少的就是fasta格式的参考基因组与参考转录组。 UCSC，ensemble，NCBI，genecode是下载参考基因组的来源网站。 （以hg38为例） 1. UCSC UCSC 网址：http://genome.ucsc.edu/ 主页中的do.
GRCm38=mm10；GRCm39=mm39；GRCh37=hg19；GRCh38=hg38
qq_43722079的博客
03-14 3721
嗯就是记一下
RNA-seq：转录组数据分析处理（上）
super_qun的博客
01-26 5万+
RNA-seq：转录组数据分析处理 一、流程概括 RNA-seq的原始数据（raw data）的质量评估 raw data的过滤和清除不可信数据（clean reads） reads回帖基因组和转录组（alignment） 计数（count ） 基因差异分析（Gene DE） 数据的下游分析 二、准备工作 学习illumina公司测序原理 测序得到的fastq文件 注释文件和基因组文件的准备...
人类基因组版本：hg19和hg38
SN的博客
12-23 4608
是于2013年发布的人类基因组版本，也被称为GRCh38（Genome Reference Consortium human genome build 38）。是于2009年发布的人类基因组版本，也被称为GRCh37（Genome Reference Consortium human genome build 37）。（人类基因组版本38）都是人类基因组的版本号。有一些改进，包括更好地解决了基因组的一些难以映射的区域、更全面的注释等。（人类基因组版本19）和。
一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法
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Baimoc
06-02 6万+
文章目录一、什么是参考基因组和基因组注释？二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息 一、什么是参考基因组和基因组注释？ 先来理一理参考基因组，基因组注释文件，测试数据间的关系。 自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始，全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组，从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因
bed vcf 文件 GRCH37转 GRCH38 hg19 转hg38
qq_40265284的博客
02-29 5274
准备文件： hg19ToHg38.over.chain.gz hg38ToHg19.over.chain.gz GRCh37_to_GRCh38.chain.gz GRCh37_to_GRCh38.chain.gz 下载网页打开很慢，已经放到百度云盘 链接：https://pan.baidu.com/s/1CGQ4TtaibfiMPlkFXSD4yQ 提取码：oqkd 1. bed 文件 hg...
G-Torch-工作量分析报告_v1.01
08-08
E1：项目计划制定小组工作评估开会确定选题耗时1h完成Torch7的调研每人约2h-3h撰写项目计划书多轮迭代组员工作量评估陈伟民工作组织、项目计划书审核付强g
基因数据处理22之对GRCH38全基因建立BWA索引
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04-22 4079
环境： ubuntu 14.04 内存 6G bwa 0.7.12 结论： 建立索引大概4500秒左右 节点2运行： hadoop@Mcnode2:~/cloud/adam/xubo/data/test20160422$ cp ../test20160310/GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_an
基因数据处理71之GRCH38 的chr14提取
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12-20 2351
1.获取开始和结束行号cat GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna |grep -i -n '>' 2.提取chr14cat GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna |head -32835035|tail -1529197 >GRCH38ch14.fasta 3.整理：hadoop@Mc
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