bed vcf 文件 GRCH37转 GRCH38 hg19 转hg38

准备文件：

hg19ToHg38.over.chain.gz
hg38ToHg19.over.chain.gz

GRCh37_to_GRCh38.chain.gz
GRCh37_to_GRCh38.chain.gz

下载网页打开很慢，已经放到百度云盘

链接：https://pan.baidu.com/s/1CGQ4TtaibfiMPlkFXSD4yQ
提取码：oqkd

1. bed 文件 hg19转hg38 （GRCH同理）

工具：liftover

liftover只能处理bed格式

liftOver input_hg19.bed  hg19ToHg38.over.chain.gz output_hg38.bed unmap.bed

2. vcf文件 GRCH37转GRCH38

工具：vcf-liftover

本质上是调用liftover，速度很快

更正：这个出来的结果并不是标准的vcf格式，作者的代码有问题，后续处理这个vcf文件的时候会有错误

github链接：https://github.com/liqg/vcf-liftover

zcat input.vcf.gz | ~/vcf-liftover GRCh37_to_GRCh38.chain.gz | bgzip -c >