生物信息-McScan(Python-jcvi)共线性画图

发现有人竟然直接拷贝了我的文章内容,还说是原创(几百的访问量,这个作者的其他作品普遍访问量个位数)。

没有找到维权入口,我想试着再发布一次文章进行维权,原文始发于博客园(abysw)。

我用的自己的已发表文章和未发表文章做的展示。

下面是我博客园的原文:

比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的。

共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。

本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散。

我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了。

软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi

安装过程很简单:

pip install jcvi
pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

如果安装不成功,再执行一次上述命令即可。
python 用conda安装即可。
官方配图如下:

 

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