基于Salmon的转录组定量流程

为什么使用Salmon？

Salmon是不基于比对计数而直接对基因进行定量的工具，适用于转录组、宏基因组等的分析。

其优势是：

• 定量时考虑到不同样品中基因长度的改变（比如不同isoform的使用）

• 速度快、需要的计算资源和存储资源小

• 敏感性高，不会丢弃匹配到多个基因同源区域的reads

• 可以直接校正GC-bias

• 自动判断文库类型

Salmon的定量准确性和稳定性都比较好。

其原理如下图所示，概括来讲是通过构建统计模型来推测已经注释的转录本呈现出什么表达模式时我们才会测序产生当前的FASTQ数据：

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