crossmap转换坐标（liftover也可以，不过我只用它转换过bed文件）

Crossmap

在创建的python（必须在python3）环境下进行！！！

conda activate test_py3

安装

conda install crossmap

检查是否可以使用

CrossMap.py -h

下载chain文件
https://pythonhosted.org/CrossMap/#chain-file
或
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz
示例

CrossMap.py bigwig hg38ToHg19.over.chain.gz xx_hg38.bigWig xxx_hg19.bigwig

#基本格式
python CrossMap.py [文件格式] [chain文件] input output

参考链接：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/45731354
https://pythonhosted.org/CrossMap/

liftOver

下载地址
http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

#注意liftOver的“O”是大写的！！！

chmod +x liftOver#加入权限
./liftOver M_sig.bed hg38ToHg19.over.chain.gz output.bed unlifted.bed

遇到报错
libcurl.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
参考解决方法：https://www.jianshu.com/p/84ef64cbd42a