CrossMap基因坐标转换：hg38和hg37互换

我之前用的是https://snp-nexus.org/，但最近在维护，所以不得不用别的。

我也用过liftOver的网页版，但是遇到几个问题：

1. 如果有的位置只在高版本有，而低版本无，这样就很难一一对应回原有的位置。以为liftOver的输出会直接删掉无对应位置的地方，我要手动看删掉了哪些。
2. 我发现他的转换有错。
3. 我下了R包，发现也是一样。

最后决定用CrossMap

CrossMap

1. 安装

直接通过python安装（好像需要事先装有anaconda3）

python --version ##查看自己的python版本
pip3 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python3
pip3 install CrossMap --upgrade        #upgrade 
pip2 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python2.7.*
pip2 install CrossMap --upgrade     

查看文件所在

whereis CrossMap

/home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py

加入环境变量。这一步我没有成功；如果你也没有，不用着急，下面通过完整路径调用即可

export PYTHONPATH=/home/user/installation/anaconda3/bin/CrossMap.py:$PYTHONPATH
export PATH=/home/user/installati