freesurfer进行海马海马亚区分割

已于 2024-08-22 09:06:28 修改
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分类专栏： freesurfer 文章标签： linux 图像处理
于 2024-08-21 16:23:32 首次发布
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freesurfer

安装Matlab Runtime

少数freesurfer模块需要使用matlab runtime package（MCR），可以不用安装matlab，使用freesurfer指令fs_install_mcr安装MCR就可以。

对于freesurfer7，需要安装 MCR 8.4 (R2014b)，运行

fs_install_mcr R2014b

对于freesurfer6，需要安装 MCR 8.0(R2012b) ，运行

fs_install_mcr R2012b

但是在我的freesurfer中显示并没有fs_install_mcr指令，如果跟我一样情况的，请使用以下指令：

cd $FREESURFER_HOME/bin &&
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freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割
xxx
09-16 1529
海马/杏仁核亚区体积
freesurfer海马亚区的分割
weixin_51192938的博客
09-19 1265
freesurfer
基于FreeSurfer的海马亚区分割
cc1609130201的博客
06-08 1863
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）
使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记
weixin_52073820的博客
04-02 4496
前言 freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件，除了可以分割皮层之外，还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割，因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割，特记录下来以便今后查看 macOS系统：12.3 Monterey fresssurfer版本：7.2.0 freesurfer官网：freesufer-fswik//HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdalai 一、安装freesurfer 目前最新版本为7.2.0，我安装的就是这个版本 打开fre
freesurfer海马分为前、中、后海马
AliceMeng20的博客
08-22 58
使用上一篇文章中提到的freesurfer自动分割流程分割海马，对于freesurfer7 使用segmentHA_T1.sh指令进行海马亚区的分割，对于T2图像也有对应指令，但是也有像我这种版本较低的情况，我使用的是freesurfer6，因此我使用的是freesurfer提供的一个较老的方法，利用的是recon-all的指令提供的一个选项，具体实现方法请参考上一篇文章。freesurfer的安装以及之前的处理流程这里不再详细解释，如果需要了解，请参考之前的文章或者freesurfer官网。
使用freesurfer来划分脑区
12-08
有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路
利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-06 1500
一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。MCR版本要求如下。注意如果安装不成功，请切换到 root 用户下。
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qq_44748946的博客
03-16 3391
利用freesurfer6.0进行海马分割的步骤（亲测有效）： 在/usr/local/freesurfer路径下解压MatlabRuntime压缩包并把license.txt文件复制在该路径下 tar zxvf MatlabRuntime.gz 1，文件夹的命名规则： 要在/usr/local/freesurfer/subject/建立一个文件夹/mri/orig/*.mgz文件 SUBJECTS_DIR=/media/clm/Data/chen_hippocampus_segment/control
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海马亚区freesurfer分割教程是一种用于对海马亚区进行分割的方法。freesurfer是一种常用的脑部结构分析软件，可以用于脑部结构的自动分割和定量化。 首先，使用freesurfer对脑部MRI图像进行预处理。这包括图像去噪、矫正和配准等步骤，以确保图像质量。 接下来，使用freesurfer的自动分割算法对海马亚区进行分割。freesurfer使用基于统计模型和形状模型的算法，能够准确地分割出海马亚区。 分割完成后，使用freesurfer对分割结果进行可视化和检查。可以通过查看多个切面和不同角度的图像，来检查分割结果的准确性。 此外，为了提高海马亚区分割的准确性，还可以使用手动编辑的方式。在freesurfer的分割结果上，可以进行手动操作，根据专业知识和经验进行调整和修正。 最后，评估海马亚区的分割结果。可以使用不同的度量指标，如体积、形状和位置等，来评估分割结果的准确性。 总的来说，海马亚区freesurfer分割教程提供了一种自动化的方法，能够准确地对海马亚区进行分割。这种方法不仅节省了时间和人力成本，还提高了分割的准确性和一致性。但需要注意的是，分割结果还需要进行检查和修正，以确保最终结果的准确性。
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