freesurfer分割流程——recon-all 三 mri文件夹介绍

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分类专栏： freesurfer 文章标签： linux 图像处理
于 2024-08-23 10:06:22 首次发布
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mri文件夹——存放数据结构图和分区模板图像

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官网：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/

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aseg.mgz文件

aseg.mgz 是 FreeSurfer 处理脑影像数据时生成的一个重要文件，它包含了自动分割后的脑部结构标签。aseg 是 “automated segmentation” 的缩写，该文件代表了经过 FreeSurfer 自动化处理后的全脑结构分割结果。

生成过程
自动化分割：aseg.mgz 是由 FreeSurfer 在处理 MRI 数据时通过自动分割算法生成的。该算法会识别和分割 MRI 数据中的各个脑部结构，并为每个体素分配相应的标签。
分割步骤：通常在 FreeSurfer 的处理流程中

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freeesurfer---recon_all--重建
xxx
05-27 904
每次使用前都需要配置环境变量 export FREESURFER_HOME=$Computer/usr/local/freesurfer #freesurfer文件夹位置 export SUBJECT_DIR=$Computer/usr/local/recon #recon预处理文件所在位置 ？ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh #相当于python中的active-激活 recon-all -s /user/local/rec
freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
03-14 3784
freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍freesurfer的安装freesurfer对结构像分割流程及批处理代码freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍scripts文件夹——存放日志文件mri文件夹——存放结构图像和分区模板图像suef文件夹——存储软脑膜表面，白质文件，把脑吹膨胀的软脑膜表面label文件——存储解剖模板，如DK模板和a2009模板stats文件——存储每个分区的灰质体积，皮层厚度，曲率等形态学信息皮层厚度曲率 freesurfer的安装 freesurf
基于FreeSurfer的海马亚区分割
cc1609130201的博客
06-08 2406
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）
freesurfer recon-all命令
TODAIZHANG的博客
11-08 2400
1, 过程中可以使用以下命令来调用recon-all函数来进行脑区分割。该命令使用的文件类型为 mgz, nii, nii.gz。当当前的文件格式为其它格式时，可使用命令mri_convert * *.nii来进行格式转换。 2, 该操作是十分耗时的，进行一例nii数据的脑区分割需要8小时左右，具体时间视配置有所改变。在完成分割之后，即可通过可视化软件如FreeView来进行结果查看。这里，我们的目标是使用python来获取各个脑区的Mask，首先，看一下各个脑区对应的索引，该数据保存在$FREESURFE
matlab齿轮代码-freesurfer-recon-all:执行FreeSurfer皮质重建过程的全部或任何部分
06-16
matlab 国家代码 scitran/freesurfer-recon-all 此构建上下文将创建一个构建到 的映像，该映像可以在 内或本地执行 Freesurfer 的 recon recon-all ( v6.0.1 )。 您必须阅读并同意许可协议和 。 获得许可证后，您可以在构建容器之前编辑manifest.json文件以包含许可证详细信息。 没有许可证，代码的执行将失败。 此图像是使用包含的 Matlab MCRv84 构建的。 MCR 需要运行可选的海马子域和脑干结构处理（请参阅 参考资料）。 生成的图像约为 12GB，构建时间约为 15 分钟。 配置选项 用于运行算法（并添加许可证）的配置在manifest.json中定义。 文件中描述了可用的选项及其默认值。 如果您想在本地运行此设备时使用特定选项，您可以修改每个选项的default键，这些键将在本地运行期间使用 - 在使用 Docker 执行时执行。 本地使用示例 此 Gear 设计为在 内运行，但您可以在本地运行此 Gear。 要从此映像运行recon-all ，您可以执行以下操作： # Note that the
医学图像分析工具01：FreeSurfer || Recon -all 全流程MRI皮质表面重建
最新发布
weixin_45638136的博客
01-03 2297
`recon-all` 是 FreeSurfer 中最重要的命令之一，用于自动化处理和分析磁共振成像（MRI）数据，执行一系列的预处理、分割、配准、表面建模和标注等步骤。其目标是为大脑图像提供精确的结构性分析，包括皮层和白质的分割，皮层厚度的计算，以及大脑区域的标注等。
2022.5.25 FreeSurfer入门练习：Recon-all
GraceWangWYY的博客
05-26 883
2022.5.25 FreeSurfer入门练习：Recon-all 参考资料：https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/FreeSurfer/FS_ShortCourse/FS_03_ReconAll.html FreeSurfer Tutorial #3: Recon-all recon- all指令介绍： 从解剖图像中剥离头骨以生成数据集（brainmask.mgz.）任何作为三维体积输出的文件都存储在名为 mri 的文件夹中。 Recon-al
freesurfer recon-all并行运算parallel
weixin_51192938的博客
10-26 1330
freesurfer recon-all并行运算parallel
freesurfer输出结果查看
xxx
09-16 1973
freesurfer输出结果查看
Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.0.5、Freesurfer7.1.1、ANTs、MRtrix3、AFNI的安装详解——核磁共振数据处理必备
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
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Ubuntu系统下MRIcroN、FSL6.05、Freesurfer7.1.1、MRtrix3、AFNI、ANTs的安装详解一、安装MRIcroN二、 FSL6.0.5完整安装与FSLeyes等Not Found修复Anaconda与虚拟环境（所有操作均在root下）获取最新版Anaconda3安装Anaconda3配置所有用户可用去掉恼人的base创建虚拟环境FSL与FSLeyes安装（所有操作均在root下)下载FSL安装FSL添加环境变量到/etc/bash.bashrc末尾 (ubuntu)或者
使用freesurfer来划分脑区
12-08
有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路
freesurfer:神经影像分析和可视化套件
04-08
用于处理人脑MRI的开源软件套件 介绍 FreeSurfer是一个软件包，用于分析和可视化来自横截面和纵向研究的神经影像数据。 它是由开发的。 FreeSurfer提供了用于结构和功能MRI的完整处理流，并包括用于线性和非线性配准，皮质和皮质下分割，皮质表面重建，组形态统计分析，扩散MRI，PET分析等工具。 它也是首选的结构MRI分析软件。 有关使用和理解FreeSurfer工具的大量文档，请访问 。 开发者 请查看并访问我们的，以获取有关配置和构建源代码的分步说明。 支持 如果您遇到问题或对使用FreeSurfer有疑问，请按照以下步骤获得帮助： 搜索档案：在您之前，其他人很可能遇到了相同的问题。 获得答案的最快方法是我们邮件列表。 提出问题：邮件列表并开始讨论！ 如果您发现软件中存在错误，请在阅读我们的文档后随意打开问题或提交补丁。 执照 使用，复制，分发和贡献的条款和条件
recon-all 指令帮助手册【freesurfer】
qimo601的专栏
11-14 7289
Name recon-all : Performs all, or any part of, the FreeSurfer cortical reconstruction process.   Synopsis recon-all -subjid subjid [Directive]   Arguments Note: arguments ar...
freesurfer分割流程——recon-all 一 指令介绍
AliceMeng20的博客
08-23 603
recon命令-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个输入的情况），如果是 dicom 格式（有多个文件），只需要给出其中一个文件即可；-s 选项表示输出文件的目录名，-sd 选项表示输出文件的路径，也就是 recon-all 的处理结果会存放在outputpathoutputp​ath{output_dir}下。
FreeSurFer的recon-all处理流——学习记录
KaSuo幻影的博客
06-08 755
输入为 mri/brain.mgz，输出为 mri/wm.mgz。Freesurfer图像配准：将 mri/nu.mgz 体积与 FREESURFER_HOME/average 中的默认 GCA 图集对齐；Freesurfer图像校正：强度标准化（Intensity Normalization）颅骨剥离后生成文件：/mri/brainmask.mgz。图像校正后生成文件：/mri/brain.mgz。图像配准后生成文件：/mri/norm.mgz。图像分割后生成文件：/mri/wm.mgz。
Freesurfer recon-all命令详解及使用示例
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handsofgod的博客
06-28 1万+
本文详细说明了freesurfer软件工具中recon-all命令的具体步骤，并解释了每一步的作用，方便在对MRI图像进行预处理时对每一步有详细的理解。同时也可以根据各个步骤自定义处理流程。
使用freesurfer软件parallel并行recon-all
drwyan的博客
09-09 526
3. 查看cpu性能，查看电脑逻辑处理器的核数（同时能处理结构像文件的个数，如第4步的num对应，如有20个逻辑处理器，可以--jobs 16）1. 安装parallel。2. 设置结果输出路径。
freesurfer reconall结果文件介绍
KaSuo幻影的博客
08-24 2107
freeview -v \ good_output/mri/T1.mgz \ good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh..
freesurfer全过程梳理
weixin_44492471的博客
03-13 3200
free surfer这一软件要解决的问题是，在3D体素空间，有些体素同时包含了两个或者两个以上的成分。例如同时包含灰质和白质，我们无法确定哪一个成分的贡献更大。为了解决这一问题，freesurfer采取的解决方案是将3D空间转化为2D表面积空间，划分灰质和白质的边界。freesurfer的核心命令是recon-all，今天我们来详细了解一下这一命令实现了哪些操作-----recon-all是一个重建表面积的过程，包含了freesurfer的全部预处理过程。
bash: /home/nxl/freesurfer/bin/recon-all: /bin/tcsh: 错误的解释器: 没有那个文件或目录
04-05
这个错误提示说明在运行 `/home/nxl/freesurfer/bin/recon-all` 命令时，系统无法找到 `/bin/tcsh` 解释器。 可能的原因是 `/bin/tcsh` 解释器没有安装在系统中，或者路径设置不正确。你可以尝试使用以下命令来查找...
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