linux下的Aspera安装和使用教程

写这个的目的是记录一下自己安装和学习aspera的过程，为了自己以后再用的时候查阅

安装Aspera

貌似现在用wget+下载链接的方式获取的aspera无法直接获得密钥文件，所以这里我推荐用conda去安装，由于本人最开始安装后使用的时候会出现类似于“version ’GLIBC_2.28’ not found“的提示，所以这里还是指定一下比较久的版本。

#创建一个环境
$ conda create -n aspera_env
#激活环境
$ conda activate aspera_env
#安装指定版本的aspera
$ conda install -c hcc aspera-cli=3.7.7 -y
#查看一下是否安装成功
$ which ascp
~/xxx/bin/ascp(每个人的输出都不一样，最后应该是有个bin/ascp）
#将bin/scp换成etc/asperaweb_id_dsa.openssh，并用ls验证一下是否存在
$ ls ~/xxx/etc/asperaweb_id_dsa.openssh   (这个.openssh文件就是密钥文件）

使用Aspera

看了下其他文章，好像现在ncbi的数据迁至云服务器不太好操作了，所以现在一般都用EBI的数据，并且EBI还提供了专门给aspera使用的下载地址

单个下载

$ ascp  -l 100M -P 33001 -QT -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz ./test.fq.gz

这里解释一下各个参数的含义
-l 100M ：设置传输带宽限制，但是实际上好像也不会这么大，我用的时候最高也只有几m罢了，不过比prefetch还是快不少的
-p 33001：指定网络端口
-q ：设置下载的优先级，没啥用其实
-t ：禁止加密传输，在内部网络可以用这个，公共网络的话建议还是确保一下数据安全
-k：-k 0是不使用断点续传，-k 1是启用断点续传（推荐），-k 2是保留已完成的部分，并从中断处继续下载
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh：这个是密钥文件，没有这个无法连接到远程服务器
随后就是下载地址，ebi有直接提供，再后面就是文件的存储位置了。

便捷命令设置

批量下载处理

这些都还没有写完，后面会补上。