submit assembly to NCBI

最新推荐文章于 2024-09-07 15:19:09 发布

半个馒头

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分类专栏： others 文章标签： assembly perl warnings filter join file

本文链接：https://blog.csdn.net/bangemantou/article/details/7294911

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本文详细介绍了如何将组装数据提交到NCBI，包括准备fasta格式数据、使用perl脚本处理数据，如生成.greater、short.list、ZERO_BASE_COUNT、.Nchange和分割文件等步骤。

摘要由CSDN通过智能技术生成

二、submit assembly to NCBI

1、prepare data

首先要具有fasta格式数据(NO .gz)，这是处理的基础，具体格式如下：

>Scaffold633

TCATTTCTCCACTCTCGATGAACAAATCTGGAGGGATTTTTTTTCATTCC

ACTCAATAGGTTGTCTATAAAGGTGTGATTCGTGGAACTTCTTCACACAG

CAGCTAGTCTATATAATACAGAAGATCG

>Scaffold553

AAAAAATTTTTTTTTTAAACTATCATCTCATGGATCAGCAGCAATTCTGA

GTGTAACGTCTTCATTAAATGCGTATATAAATTTGCATAAAGATATGCGA

CCAATATTGAGCCTGGAAATATATGCGCAGAGTGCAAAATTGTGTTTTTT

GATCGGTTAATTAAAGG

>Scaffold641

GTTTCCCAGTAGGTCTCTCCCGCTACGGCGTCCGCACGAACGCGATCTGC

CCTCGTGCCCGCACCGCCATGACGGCAGAAGCCTTCGGCGAGAACAACAC

CGGCGTCGTCGGCCTCGATCCGCTTGCACCCGAGCGCGTCGCGACCCTGG

TCAGCTACCTCGCATCCCCCGATTCCGACGAGATCAACGGACAGGTCTTC

GTCGTCTACGGCAAGATGGTGGCGTTGATGGAAGCACCCAAGGTCGAGAA

CCGTTTCGACGCAGCCGGATCCGCGTTCACCGTCGAAGAACTCGGTGGCC

AGCTCTCGTCTTACTTCTCCGGCCGTGGGCCGTACGAGACCTACTGGGAA

AC

2、处理数据

分为几步：

(1)生成.greater, short.list和ZERO_BASE_COUNT文件

perl ../ scaf_filter_2k.pl Ascaris_suum.scaf.fa

scaf_filter_2k.pl代码

#!/usr/bin/perl

use strict;

use warnings;

 

my $file=shift;

#my $cutoff=shift;

my $outfile="short.list";

my $outfile2="$file.greater";

my $outfile3="ZERO_BASE_COUNT";

 

open IN,"< $file" or die $!;

open OUT,"> $outfile" or die $!;

open OUT1,"> $outfile2" or die $!;

open OUT2, "> $outfile3" or die $!;

$