submit reads to NCBI

向NCBI提交数据是非常麻烦的事，它的要求非常高，而且还坚持一些不是标准的标准，下面是记录自己提交数据是的步骤，以备后用。

一、submit reads

1、prepare  .fq data

准备.fa格式的数据，这个其实平常用的就是，不是的话估计还是比较麻烦的。其格式如下：

@FC61K87AAXX:6:1:1035:17969#0/2
NNNNNNACAGCACAGNNNNNNNGNNNNNNAACAGGTGNNNNNAA
+
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
@FC61K87AAXX:6:1:1035:2669#0/2
NNNNNNCAAATTCCANNNNNNNGNNNNNNNAACGTGANNNNNGN
+
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
2、NCBI网页注册和准备

进入主页(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/)

1) Submissions:

2) Sequence Read Archive (SRA)

3) Submit to SRA

4) NCBI Primary Data Archive Submitters

5)sign in

Username：bgi

Password：*******

在这儿最好不记住密码，有时候合作方会先注册，你再提交后有时会出不来。

6）create new submission

7)后面的就要自己创建任务。

注意：在申请的过程可能还需要申请Project ID。这首先要确认自己的项目是否已经注册过了，一个项目一个ID，申请多了的话不能自己注销，和NCBI的人员交流需要很长时间，而且只能用邮件。本身提交数据就是一个拉锯战。

3、上传数据。

到此为止，准备就做完了，之后就要上传数据了。自己上传不了，需要用ftp上传，在华大就是向3811发任务。

这儿有具体的发任务格式，按要求进行。

猪蛔虫实例：

http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi?subid=69656&from=list&action=show:submission

 

 

未完待续，assembly data