如何往ncbi上上传数据

本文详细介绍了如何向NCBI提交数据,包括创建Bioproject和Biosample,上传重测序reads和基因组序列,以及使用ftp和Aspera工具。在提交过程中,需遵循NCBI的审核流程,并处理可能遇到的问题,如序列质量等。
摘要由CSDN通过智能技术生成

往NCBI上上传数据:

1.注册并登陆NCBI,点击主页的submit选项
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2.创建bioproject,以及biosample号

(Bioproject: Bioproject是一个项目的编号,在文章发表的时候,读者需要通过这个号来找到你文章中的数据存放到哪里去了,因此,在投稿之前,我们需要上传数据并拿到这个ID号。这个id号下面可以存放很多个不同的reads、序列等等,例如在我的项目里面,既有基因组的reads,基因组,也有重测序的reads,我可以把它全放到一个Bioproject下面,也可以申请两个bioproject号,一个用来放基因组的,一个用来放重测序的等等。
Biosample: Biosample与Bioproject类似,它是你所用的样本的一个ID。我们要先创建一个biosample,里面放有样本的信息。)
先创建Bioproject,再创建Biosample,按照页面的流程依次填写信息即可。

2.1 上传重测序的reads

2.1.1 创建Biosample

Attributes file 示例 (注,必填的信息一定要填,其他的随意)
*sample_name    sample_title    bioproject_accession    *organism   isolate cultivar    ecotype age dev_stage   *geo_loc_name   *tissue biomaterial_provider    cell_line   cell_type   collected_by    collection_date culture_collection  disease disease_stage   genotype    growth_protocol height_or_length    isolation_source    lat_lon phenotype   population  sample_type sex specimen_voucher    temp    treatment   description
Pil01           Populus ilicifolia  pil-01          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil02           Populus ilicifolia  pil-02          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil03           Populus ilicifolia  pil-03          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil04           Populus ilicifolia  pil-04          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil05           Populus ilicifolia  pil-05          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil06           Populus ilicifolia  pil-06          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil07           Populus ilicifolia  pil-07          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil08           Populus ilicifolia  pil-08          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil09           Populus ilicifolia  pil-09          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil10           Populus ilicifolia  pil-10          not collected       Kenya   leaf                                                                                    
Pil11           Populus ilicifolia  pil-11          not collected       Kenya   leaf                                                  
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