往NCBI上上传数据:
1.注册并登陆NCBI,点击主页的submit选项
2.创建bioproject,以及biosample号
(Bioproject: Bioproject是一个项目的编号,在文章发表的时候,读者需要通过这个号来找到你文章中的数据存放到哪里去了,因此,在投稿之前,我们需要上传数据并拿到这个ID号。这个id号下面可以存放很多个不同的reads、序列等等,例如在我的项目里面,既有基因组的reads,基因组,也有重测序的reads,我可以把它全放到一个Bioproject下面,也可以申请两个bioproject号,一个用来放基因组的,一个用来放重测序的等等。
Biosample: Biosample与Bioproject类似,它是你所用的样本的一个ID。我们要先创建一个biosample,里面放有样本的信息。)
先创建Bioproject,再创建Biosample,按照页面的流程依次填写信息即可。
2.1 上传重测序的reads
2.1.1 创建Biosample
Attributes file 示例 (注,必填的信息一定要填,其他的随意)
*sample_name sample_title bioproject_accession *organism isolate cultivar ecotype age dev_stage *geo_loc_name *tissue biomaterial_provider cell_line cell_type collected_by collection_date culture_collection disease disease_stage genotype growth_protocol height_or_length isolation_source lat_lon phenotype population sample_type sex specimen_voucher temp treatment description
Pil01 Populus ilicifolia pil-01 not collected Kenya leaf
Pil02 Populus ilicifolia pil-02 not collected Kenya leaf
Pil03 Populus ilicifolia pil-03 not collected Kenya leaf
Pil04 Populus ilicifolia pil-04 not collected Kenya leaf
Pil05 Populus ilicifolia pil-05 not collected Kenya leaf
Pil06 Populus ilicifolia pil-06 not collected Kenya leaf
Pil07 Populus ilicifolia pil-07 not collected Kenya leaf
Pil08 Populus ilicifolia pil-08 not collected Kenya leaf
Pil09 Populus ilicifolia pil-09 not collected Kenya leaf
Pil10 Populus ilicifolia pil-10 not collected Kenya leaf
Pil11 Populus ilicifolia pil-11 not collected Kenya leaf