我是如何“被逼无奈”开始学R的

原创 黄小仙

本人由于课题方向的原因,看了不少single cell sequence的文章。刚开始的时候,文章那是totally 看不懂,不过文献插图确实好看到“令人发指”啊。
以图为证:
降维可视化分析PCA

降维可视化分析tSNE

基因热图分析

有些同学可能表示不服气,自己没有这样的实验数据可以进行花样分析,不过小仙同学我还是很惊叹的,给我同样的结果,我肯定画不出来如此貌美的图,于是开始反省自己。。。

想画box plot的时候是不是可以换成 violin plot?

box plot

violin plot
好像B格瞬间提升不少,那么问题就来了,用什么工具呢?

就我们实验室的情况来讲,ExcelOriginMatlab基本可以满足需求,其中Origin占据半壁江山,比excel专业的同时比Matlab的学习门槛低。但其实本小仙以为,Origin画出来的图太丑(当然主要的原因还是技术不过关),Matlab画出的图颜值勉强及格(没吸引到颜控的我,以至于没有动力学习),对这两种工具都不太满意。hxj君给小仙同学推荐了Python和R语言,据说容易上手且画出的图十分貌美。

Python 还是R语言 ?

一开始从时间成本上考虑,我觉得Python更好,Python应用的范围更广(本小仙特别喜欢双击exe数据就处理完的感觉,而且幻想有朝一日我可以用Python写抢票软件?)。说干就干,看了本Python的简介后我就安装了Python,不过后来又发现要安装一个环境软件PyCharm(我也不知道啥是环境),吭哧吭哧学了几天写了几个Excel处理文本之后,我发现了两个问题。一是打包成exe的Python文件几乎没有可移植性,二是我做几天实验闲下来之后看之前的脚本基本看不懂了**(最最关键的原因还是太不熟练啦)。
接下来转投R。发现R在处理Excel数据的时候更加灵活,在熟悉了基本的语句之后,基本可以实现想要的任何调整。对于我这种没有编程基础又有数据分析和作图要求的生物民工非常适合。
从一开是接触R到相对熟练,本小仙只用了短短两个月的时间(当然只是完成作图,咩有上面的例子那么貌美,不过其中很多时间其实在搬砖),有种马上就要走上人生巅峰的感觉,嘿嘿?。。。

本次分享就到这里啦,关于R作图的方法,待我下次分解。
(公众号 :生信了)
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