R语言作图——line plot

本文介绍了如何使用R语言复刻Nature Cell Biology上的一种独特折线图。通过数据准备、读取、安装及调用相关package,如ggplot2和reshape2,以及运用melt函数将数据转化为长格式,逐步展示绘图过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

原创:黄小仙

最近小仙同学在Nature Cell Biology上看到了这样一张图,很常见的折线图画成这个样子——原来很常见的图标类型也可以“焕发新春”!
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今天小仙同学就尝试用R复刻一张类似的折线图。

Step1. 绘图数据的准备
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成csv格式。
数据的格式如下图:一列表示一种变量,最后一列是每一行的行名。
假设我们有一组单细胞测序的基因表达量数据,第一至九列表示9种基因,第十列表示每一行细胞的标签。
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Step2. 绘图数据的读取
data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释:header=T表示数据中的第一行是列名,如果没有列名就用header=F
ave<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释:ave表示平均值数据

Step3.绘图所需package的安装、调用
library(ggplot2)
library(reshape2)
#注释:package使用之前需要调用

Step4绘图
data_melt<-melt (data, id.vars=“Cell”)
ave_melt<-melt (ave, id.vars = “Type”)
#注释:melt()函数把表格中的宽数据变成长数据,注意id.vars对应的参数是相应标签列的列名

>p<-ggplot()+geom_line(data=data_melt,aes(x=variable,y=value,group=Cell),size=1,colour="gray")+
geom_line(data=ave_melt, aes(x=variable,y=value,group=Type),size=2,colour="#E3191C")+
   theme(panel.background = element_blank(),axis.line = element_line(colour = "black"),
   panel.border = element_rect(colour ="black",fill=NA))
>p

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好啦,今天的分享就到这里了。
今天小仙同学还想留一个问题,如果有很多个excel文件要转存为csv格式,手动操作是不是太慢了一点呢,用什么方法可以快一点呢?小仙同学有一个方法,下次揭晓哦!

(公众号:生信了)
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