基于eXpress对转录组和基因组进行量化

最新推荐文章于 2022-09-04 15:23:36 发布
VIP文章 最新推荐文章于 2022-09-04 15:23:36 发布
阅读量2.5k 收藏 2
点赞数 1
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/biocq/article/details/46734369
版权
NGS

目录(?)[+]

General workflow

eXpress是一个通用的丰度估计工具，它可以应用于任意靶序列和高通量测序reads。 靶序列可以是任意基因组区域，例如RNA-seq中的转录本。因此，一般的流程应该是这样的：

1. 选择你要分析的数据

2. 产生靶序列的集合

3.将目的片段比对到靶序列上

4. eXpress需要的参数包括目的片段，然后进行靶序列的丰度估计

5. 额外的下游分析



图示:



这个教程涉及如下工具:


其它有用的工具（不限于RNA-seq）还包括  here .


例子: 没有参考基因组序列也没有注释信息的情况

有的时候，你将研究没有参考基因组序列的物种，或者参考序列质量较差。这通常意味着你也没有转录组序列。下面要进行的步骤经常是从头组装转录组。接下来，我们将使用Bowtie2进行片段比对。

取得数据

为了取得一个数据，我们将使用GEO访问号。如果你没有一个GEO访问号，而是仅仅想要浏览数据，你可以跟随这个tutorial。为了演示的目的，我们将要研究牦牛转录组。




为什么选择牦牛呢？因为牦牛是天生没有气味的。事实上，是牦牛毛无味。为了下载数据，就直接去GEO吧，然后在"GEO accession" 输入访问号“GSE33300”，点击“GO”。




这将将你带到主实验页面。可以看到有6个来自不同器官的不同的样品。我们先看一下"GSM823609 brain"。点击这个实验，并点击ftp链接下载SRA文件。点击目录可以看到SRR361433.sra. 这是一个paired end的RNA-seq数据，我们将使用如下命令抽取数据

[text]  view plain copy
  1. $ fastq-dump --split-3 SRR361433.sra  

结果产生两个文件， SRR361433_1.fastq和 SRR361433_2.fastq . 注意到使用  --split-3 . 只有当你下载的数据是paired end的情况下才需要用这个参数. 

通过从头组装进行注释

在这个演示中，我们花点时间进行一个完全从头组装分析，而不使用基因组信息，使用的工具是 Trinity .
使用如下参数运行Trinity :

[text]  view plain copy
  1. $ Trinity.pl --seqType fq --JM 200G --left SRR361433_1.fastq --right SRR361433_2.fastq --CPU 2  

在几个小时内，我们将在trinity_out_dir中得到几个文件 , 包括注释文件 Trinity.fasta .这将是新的注释文件. 从这里开始，如果你有参考基因组的情况下，分析将大致相同（下面的例子也是一样的）.

从这里，可以下载组装文件.

比对

建立索引

在你进行任何比对之前，你首先需要建立靶序列的一系列索引文件.
[text]  view plain copy
  1. $ cd trinity_out_dir  
  2. $ bowtie2-build --offrate 1 Trinity.fasta Trinity  

这将在trinity_out_dir中建立索引，base name是 Trinity，bowtie2需要的参数只需要写到base name结束即可，不需要后面的部分 . 这个索引将允许bowtie2快速将reads比对到靶序列。Offrate 1可以加快比对速度，代价是需要的硬盘空间增大.

进行比对

使用一行命令即可运行bowtie2,
[text]  view plain copy
  1. $ bowtie2 -a -X 800 -p 4 -x trinity_out_dir/Trinity \  
  2.     -1 SRR361433_1.fastq -2 SRR361433_2.fastq | samtools view -Sb - > hits.bam  

  • -a - 想让bowtie2报告所有的比对可用此参数，适用于转录组分析，不适用于比对到基因组的分析(eXpress将处理多比对的问题，非常慢！)
  • -X 800 - 将设置片段长度（fragment length）不超过800（实际的应用一般设置到300以内就可以了）. 这个设置将完全将RNA-seq的测序片段纳入分析的范畴
  • -p 4 - 使用4个CPUs进行比对。你应该尽可能多的使用多个CPUs以加快速度.
  • -x ... - Bowtie 2索引
  • -1 ... -2 ... - RNA-seq实验的左reads和右reads

几十分钟到几小时后(取决于你使用多少CPUs), 你应该看到如下控制台信息:

[text]  view plain copy
  1. [samopen] SAM header is present: 165714 sequences.  
最低0.47元/天 解锁文章
biocq
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
宇力电子亮相台北秋季IDF 展示PCI Express芯片组
11-28
宇力电子展示了新一代PCI Express超级南桥芯片M1575，支持SATA II 3.0Gpbs、RAID 5与M1685/ M1567芯片组，运用ULi TGi技术可同时支持PCI Express x16、AGP8X以及PCI，展现其坚强的研发实力。 宇力电子总...
RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
热门推荐
cfc424的博客
11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
JVM内置锁synchronized
qq_49281137的博客
01-06 266
今天学习了CPU缓存一致性协议MESI,这里记录一下学习笔记，有错误，还望指出。 文章目录设计同步器的意义如何解决线程并发安全问题？synchronized原理synchronized底层原理Monitor监视器锁什么是monitor？对象的内存布局对象头对象头分析工具锁的膨胀升级过程偏向锁轻量级锁自旋锁锁消除逃逸分析 设计同步器的意义 多线程编程中，有可能会出现多个线程同时访问同一个共享、可变资源的情况，这个资源我们称之其为临界资源；这种资源可能是： 对象、变量、文件等。 共享：资源可以由多个线程同时
初学者使用 express 的使用 详解 一定要来看看
m0_72644735的博客
09-04 1738
express 初学者必看!!!!!!
python采集监控_python window使用paramiko简单监控数据指标数据采集
weixin_39614546的博客
12-19 261
#!/usr/bin/python#-*- coding: utf-8 -*-#+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++##Name : collMonitorDataToDB.py ##Created : 2017/07/06 ##Author : @ruiy ##Version : 2.0 ...
基于Express和MongoDB的Node.js后端设计源码
04-06
本项目是一个基于JavaScript语言开发的Node.js后端应用，包含30...系统设计旨在为用户提供一个简洁、高效的Node.js后端服务，通过Express框架和MongoDB数据库实现数据的存储和查询，支持各种API接口的快速开发和部署。
基于NodeJS和Express的简单购物系统设计源码
04-15
基于NodeJS和Express的简单购物系统设计源码，该项目包含362个文件，主要文件类型有155个gif图像文件，73个javascript文件，以及51个png图像文件。此外，还包括29个html页面文件，24个css样式文件，以及9个jpg图像...
基于Vue和Express的MongoDB全栈应用设计源码
04-06
本项目是一个基于Vue和Express的MongoDB全栈应用，包含26个文件，主要文件类型包括JavaScript脚本、JSON配置文件、Vue组件、Jade模板文件、Babel配置文件、ESLint配置文件、Git忽略文件、LICENSE文件、Markdown文档...
威盛电子发布PCI Express芯片组，支持威盛处理器平台
12-02
威盛CN800 IGP芯片组支持PCI Express和 DDR2，搭配威盛C7-D处理器，为桌面平台提供完美解决方案。 全球IC设计与个人计算机平台解决方案领导厂商威盛电子在台北发布威盛CN800数字多媒体IGP芯片组。它是一款高集成的...
stringtie, RNA序列的转录组合和量化.zip
10-10
stringtie, RNA序列的转录组合和量化 获取和安装 StringTie当前版本的StringTie也可以从 http://ccb.jhu.edu/software/stringtie 下载。为了从这个GitHub仓库构建 StringTie，可以采取以下步骤：git
paramiko监控 windows服务器 被监控服务器只需要安装openssh服务即可基于wmic完成大部分监控...
weixin_34370347的博客
07-11 152
#!/usr/bin/python #-*- coding: UTF-8 -*- #+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++# #Name : collMonitorDataToDB.py # #Created : 2017/07/06 # #Author : @ruiy # #Versio...
sam to bam文件出错
fethin的博客
08-18 8837
开始学习生物信息分析，在ubuntu上运行了samtools view，结果显示错误，如下： # samtools view -@ 60 -bS *.sam > ra24p.bam [samopen] no @SQ lines in the header. 尝试改变参数也不行 就查看了sam文件 #head -10 ra24p.sam [M::bwa_idx_load_
度量 数据突变_Nature | 14万人基因组量化突变约束谱
weixin_35434041的博客
01-16 218
原创 德尔 图灵基因 昨天来自专辑前沿生物大数据分析前沿生物大数据分析（91）撰文：德尔IF=43.07亮点：迄今为止最大的、来自任何物种的高质量的变异数据目录，其中包括来自14万多人的外显子组或基因组序列数据。人类基因组中大多数基因的生理功能仍然未知。在生物学中，打破复杂系统的各个组成部分可以提供对该系统的结构和行为的宝贵见解。为了发现基因功能，一种常见的方法是将破坏性突变引入基因中，并确定其对...
转录组入门（5）： 序列比对
weixin_34372728的博客
07-19 1507
欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接...
基于matlab实现的一种新型的配电网潮流计算,基于前推回代法
05-03
基于matlab实现的一种新型的配电网潮流计算,基于前推回代法，并附有10kv配电网数据，利用新的判别手段，成功解决配电网不收敛的问题.rar
node-v5.3.0.tar.xz
最新发布
05-03
Node.js，简称Node，是一个开源且跨平台的JavaScript运行时环境，它允许在浏览器外运行JavaScript代码。Node.js于2009年由Ryan Dahl创立，旨在创建高性能的Web服务器和网络应用程序。它基于Google Chrome的V8 JavaScript引擎，可以在Windows、Linux、Unix、Mac OS X等操作系统上运行。 Node.js的特点之一是事件驱动和非阻塞I/O模型，这使得它非常适合处理大量并发连接，从而在构建实时应用程序如在线游戏、聊天应用以及实时通讯服务时表现卓越。此外，Node.js使用了模块化的架构，通过npm（Node package manager，Node包管理器）,社区成员可以共享和复用代码，极大地促进了Node.js生态系统的发展和扩张。 Node.js不仅用于服务器端开发。随着技术的发展，它也被用于构建工具链、开发桌面应用程序、物联网设备等。Node.js能够处理文件系统、操作数据库、处理网络请求等，因此，开发者可以用JavaScript编写全栈应用程序，这一点大大提高了开发效率和便捷性。 在实践中，许多大型企业和组织已经采用Node.js作为其Web应用程序的开发平台，如Netflix、PayPal和Walmart等。它们利用Node.js提高了应用性能，简化了开发流程，并且能更快地响应市场需求。
ASP+ACCESS网上园林设计(源代码+设计说明书).zip
05-03
ASP+ACCESS网上园林设计(源代码+设计说明书).zip
2023-04-06-项目笔记 - 第一百二十二阶段 - 4.4.2.120全局变量的作用域-120 -2024.05.03
05-03
2023-04-06-项目笔记-第一百二十二阶段-课前小分享_小分享1.坚持提交gitee 小分享2.作业中提交代码 小分享3.写代码注意代码风格 4.3.1变量的使用 4.4变量的作用域与生命周期 4.4.1局部变量的作用域 4.4.2全局变量的作用域 4.4.2.1全局变量的作用域_1 4.4.2.120全局变量的作用域_120 - 2024-05-03
基于 Node.js 和 Express 框架的实现以上方法。
06-03
好的，基于Node.js和Express框架实现上述方法，您可以按照以下步骤进行： 1. 创建Express应用程序：首先，您需要在Node.js环境下安装Express框架，然后创建一个Express应用程序。可以通过以下命令来创建： ``` mkdir myapp cd myapp npm init npm install express --save ``` 2. 设计搜索窗口：在Express应用程序中，可以通过定义路由和模板引擎等方式来设计搜索窗口。可以使用EJS、Handlebars等模板引擎，将搜索窗口的HTML代码与后台逻辑进行分离。例如，可以在`views`目录下创建一个`search.ejs`文件，用于显示搜索窗口的HTML代码。可以使用以下代码： ``` <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Search Window</title> </head> <body> <form action="/search" method="get"> <input type="text" name="keyword"> <button type="submit">Search</button> </form> </body> </html> ``` 3. 实现搜索功能：在Express应用程序中，可以通过定义路由和控制器等方式来实现搜索功能。例如，在`routes`目录下创建一个`search.js`文件，用于处理搜索请求。可以使用以下代码： ``` const express = require("express"); const router = express.Router(); const db = require("../models/db"); router.get("/", (req, res) => { res.render("search"); }); router.get("/search", (req, res) => { const keyword = req.query.keyword; const results = db.search(keyword); res.render("results", { results }); }); module.exports = router; ``` 其中，`db`代表数据库模块，`search`方法用于在数据库中进行搜索，`results`表示搜索结果。 4. 显示搜索结果：在Express应用程序中，可以通过定义路由和模板引擎等方式来显示搜索结果。例如，在`views`目录下创建一个`results.ejs`文件，用于显示搜索结果的HTML代码。可以使用以下代码： ``` <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Search Results</title> </head> <body> <% if (results.length === 0) { %> <p>No results found.</p> <% } else { %> <ul> <% for (let i = 0; results[i]; i++) { %> <li><%= results[i].name %></li> <% } %> </ul> <% } %> </body> </html> ``` 其中，`results`代表搜索结果。 5. 启动Express应用程序：最后，您需要在Node.js环境下启动Express应用程序，以便用户可以访问搜索窗口。可以使用以下命令来启动： ``` node app.js ``` 综上所述，基于Node.js和Express框架实现上述方法，需要创建Express应用程序，设计搜索窗口，实现搜索功能，以及显示搜索结果。在实现过程中，需要注意路由、控制器和模板引擎等方面的问题。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值