转录本定量（二代、三代）——salmon、stringtie

基于前人的研究，我们已经总结出非常多的二代测序基因定量的方法。

gene-level：DESeq2、TMM、edgeR、limma、etc。但是转录本定量在目前二代测序的短reads上是很难实现的。

isoform level：DRIMseq、Salmon、Stringtie、Cufflinks、 eXpress 、 Kallisto、Taco、Scallope、Rsem、WemIQ 、 Salmon 、iReckon、甚至包括CLIIQ 、MITIE、FlipFlop、MISO、alpine、iReckon 、NSMAP、MSIQ、rQuant、SLIDE 、IsoLasso、CIDANE、Trinity 、Scripture 、IsoLasso。

exon level：MISO、rMATs、DiffSplice、SpliceTrap、ASMs、DEXSeq

《Modeling and analysis of RNA-seq data: a review from a statistical perspective》

——Wei Vivian Li1 and Jingyi Jessica Li1,2,*

 

一个博士生完成的文章，总结清晰全面到位，是我们学习的榜样。

 几种level 的RNAseq 数据分析demo：