转录本定量（二代、三代）——salmon、stringtie

最新推荐文章于 2024-03-14 01:00:19 发布

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文章标签：网络数据结构与算法

原文链接：http://www.cnblogs.com/beckygogogo/p/9849335.html

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本文介绍了转录本定量在二代测序中的挑战，重点讨论了Salmon和Stringtie两种方法。在isoform level，Salmon和Stringtie等工具提供了解决方案。此外，还概述了DGE差异分析、基因共表达网络的拓扑结构以及TOM矩阵在WGCNA中的应用。文章强调了样本大小对统计效力的影响，并探讨了isoform分数的随机分布和最大似然模型。

摘要由CSDN通过智能技术生成

基于前人的研究，我们已经总结出非常多的二代测序基因定量的方法。

gene-level：DESeq2、TMM、edgeR、limma、etc。但是转录本定量在目前二代测序的短reads上是很难实现的。

isoform level：DRIMseq、Salmon、Stringtie、Cufflinks、 eXpress 、 Kallisto、Taco、Scallope、Rsem、WemIQ 、 Salmon 、iReckon、甚至包括CLIIQ 、MITIE、FlipFlop、MISO、alpine、iReckon 、NSMAP、MSIQ、rQuant、SLIDE 、IsoLasso、CIDANE、Trinity 、Scripture 、IsoLasso。

exon level：MISO、rMATs、DiffSplice、SpliceTrap、ASMs、DEXSeq

《Modeling and analysis of RNA-seq data: a review from a statistical perspective》

——Wei Vivian Li1 and Jingyi Jessica Li1,2,*

一个博士生完成的文章，总结清晰全面到位，是我们学习的榜样。

几种level 的RNAseq 数据分析demo：