1,参考脚本:
nohup /home/zxd/software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity --seqType fq --max_memory 4G --CPU 1 --samples_file ../sample.txt --SS_lib_type RF >trinity.log 2>trinity.err &
2,链特异性参数设不对 结果全是错的
一.文库类型
转录组文库构建的时候,可以选择链特异性文库或非链特异性文库。
链特异性文库,我们清楚的知道得到的 reads 跟转录本是同向的还是反向的。
链特异性文库构建,有多种方法,最常用的就是基于 dUTP 的方法。
文库类型有两种表示方法。
第一种表示方法:
第二种表示方法:
二.参数设置
在数据分析中,最复杂、最容易出错、出错了影响最为严重的除了用错书记,就是搞错文库类型参数了。设置错了可能导致转录本很短、表达量极低、比对率极低等。在数据分析的时候,一定要问清楚构建文库的实验人员。
常用软件的参数设置如下。
1. 转录本拼接软件
在进行转录本拼接的时候,需要考虑链特异性的问题。
1.1 Trinity
非链特异性 默认,不需要设置
链特异性 参数为:—SS_lib_type ,如果使用