单细胞转录组测序揭示EBV阳性与鼻咽癌不同的肿瘤异质性和免疫景观有关

发表期刊：Frontiers in Immunology

影响因子：8.786

发表时间：2023

研究思路一览

1. 确定癌种及比对分组

2. 进行单细胞测序检测

3. 公共数据库进行生存分析

4. 阐述处理组不同见解，指导治疗策略

研究背景及科学问题

鼻咽癌（NPC）是一种起源于鼻咽上皮细胞的肿瘤。EB 病毒 (EBV) 感染是NPC的主要致病因素，EBV血清阳性/血液阴性可能代表疾病的两种亚型，然而EBV血清阳性的内在特征尚未表明。

一些临床试验已经证明免疫检查点抑制剂 (ICI) 在晚期 NPC 患者中具有抗肿瘤作用。然而，免疫疗法的客观反应率并不理想，只有20-30%左右，还有研究表明具有较高基线EBV DNA的患者从抗PD1免疫疗法中获益较少，但潜在机制仍不清楚，因此，更好地了解 EBV DNA血清阴性/阳性间的TME异质性对于未来合理制定最佳免疫治疗策略至关重要。

实验设计

样本类型：10个鼻咽癌样本（7个EBV阳性（血清阳性），3个EBV阴性（血液阴性）），一个非肿瘤鼻咽组织

测序方法：单细胞转录组测序

研究路线图：

研究结果

1. 作者基于10例鼻咽癌样本及1例非鼻咽癌组织的单细胞转录组数据，经过数据质控及分析得到鼻咽癌肿瘤微环境组成，确定4种主要的细胞类型：上皮细胞，髓系细胞，B细胞及T/NK细胞（图A-D），并发现EBV DNA血清阴性与EBV血清阳性的NPC样本两者之间细胞组成及转录表达存在异质性(图E-G)。

EBV DNA血清阴性和血清阳性NPC细胞图谱

2. 作者对8个NPC肿瘤组织及1个非肿瘤组织进行单细胞CNV分析，鉴定出5726个恶性NPC细胞，CNV图谱显示在NPC样本种存在染色体3p、9p、11q、14q 和16q 的缺失和染色体12q的复制（图A-C）。克隆进化分析揭示了NPC 中典型和非典型CNV事件的复杂性（图D）。整体揭示肿瘤可以随着未知的非典型CNV亚克隆的发展而发展，这可能有助于肿瘤进展。

单细胞拷贝数变异 (CNV) 和克隆性分析

3. 作者接下来研究了恶性NPC细胞的瘤间和瘤内异质性，通过cNMF算法结合GSEA分析确定了6个共表达模块，发现共表达模块中细胞周期，Epi-Diff 1 ，免疫这三个模块与无进展生存期显著相关（图A-C）。6个共表达模块在EBV DNA血清阴性与EBV血清阳性的NPC样本两者之间存在显著差异（图D)。将模块基因表达与生存结果相联系，发现EBV DNA Sero+样本的NPC细胞具有更高的细胞周期评分，表明有更高的增殖能力。

EBV DNA血清阴性和血清阳性NPC 样本之间的恶性细胞分析

4. 作者通过使用Monocle2轨迹分析探索NPC细胞的动态转变，发现大多数EBV DNA血清阳性的肿瘤细胞处于第三状态（图A-C）。EBV DNA血清阳性的NPC细胞比 EBV DNA 血清阴性的NPC细胞表现出低分化潜能和更高的干性指数，这表明EBV DNA Sero+ NPC具有高侵袭性（图D-F）。总体揭示了EBV DNA血清阳性和血清阴性NPC恶性细胞之间转录组学和分化的显着变化，表明EBV血清阳性与NPC恶性细胞发展密切相关。

EBV DNA Sero-和Sero+ NPC的恶性细胞的发展轨迹

5. 作者将T细胞亚群细分，发现T细胞亚型的比例在EBV血清阳性患者和血清阴性患者之间不同（图A-B）。GSVA通路分析CD8+T细胞，结合小提琴图及细胞毒性评分发现EBV DNA血清阳性与肿瘤免疫微环境相关（图C-F）。恶性细胞可以根据EBV DNA血清阳性状态采用不同的免疫抑制机制（图G）。通过细胞轨迹分析CD8+T细胞分化状态，发现细胞毒性T淋巴细胞响应可能存在EBV DNA血清阳性状态早期阶段（图H-K）。

T 细胞中的转录异质性和动力学与 EBV DNA 状态相关

总结

总的来说，该文章使用NPC组织样本对比型EBV DNA血清阴性/ 血清阳性的数据揭示了EBV相关NPC中复杂的肿瘤微环境，包括瘤内和瘤间异质性、免疫谱系的多样性和动态，以及潜在的细胞相互作用网络。局限是样本量不够丰富，且对照样本非肿瘤成对样本，未有进一步的生物学体内体外实验验证，最后缺乏其他多组学技术组合。