【python】OpenCV—WaterShed Algorithm(2)

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1、功能描述

基于 opencv python,调用分水岭算法 demo

2、代码实现

导入必要的包

from skimage.feature import peak_local_max
from skimage.morphology import watershed
from scipy import ndimage
import numpy as np
import argparse
import imutils
import cv2

构造参数解析并解析参数

ap = argparse.ArgumentParser()
# ap.add_argument("-i", "--image", default="HFOUG.jpg", help="path to input image")
ap.add_argument("-i", "--image", default="1.jpg", help="path to input image")
args = vars(ap.parse_args())

加载图像并执行金字塔均值偏移滤波以辅助阈值化步骤,

将图像转换为灰度,然后应用 OTSU 阈值 二值化

image = cv2.imread(args["image"])
cv2.imshow("Input", image)

shifted = cv2.pyrMeanShiftFiltering(image, 21, 51)
cv2.imshow("Shifted", shifted)

# 将图像转换为灰度,然后应用大津阈值
gray = cv2.cvtColor(shifted, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
thresh = cv2.threshold(gray, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY | cv2.THRESH_OTSU)[1]
cv2.imshow("Thresh", thresh)

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计算从每个二进制图像中的像素到最近的零像素的精确欧氏距离,然后找出这个距离图中的峰值

D = ndimage.distance_transform_edt(thresh)

# 可视化距离函数
D_show = cv2.normalize(D, None, 0, 1, cv2.NORM_MINMAX)
# print(np.max(D_show))
cv2.imshow("D_show", D_show)

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以坐标列表(indices=True)或布尔掩码(indices=False)的形式查找图像中的峰值。峰值是 2 * min_distance + 1 区域内的局部最大值。

即峰值之间至少相隔min_distance)。

此处我们将确保峰值之间至少有20像素的距离。

localMax = peak_local_max(D, indices=False, min_distance=20, labels=thresh)
# 可视化localMax
temp = localMax.astype(np.uint8)
cv2.imshow("localMax", temp * 255)

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使用8-连通性对局部峰值进行连接成分分析,然后应用分水岭算法

scipy.ndimage.label(input, structure=None, output=None)
  • input :待标记的数组对象。输入中的任何非零值都被视为待标记对象,零值被视为背景。

  • structure:定义要素连接的结构化元素。对于二维数组。默认是四连通, 此处选择8连通

markers = ndimage.label(localMax, structure=np.ones((3, 3)))[0]  # [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]

# 可视化markers
temp_markers = markers.astype(np.uint8)
cv2.imshow("temp_markers", temp_markers * 20)

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由于分水岭算法假设我们的标记代表距离图中的局部最小值(即山谷),因此我们取 D 的负值。

labels = watershed(-D, markers, mask=thresh)
print("[INFO] {} unique segments found".format(len(np.unique(labels)) - 1))

output

[INFO] 10 unique segments found

循环遍历分水岭算法返回的标签

for label in np.unique(labels):
    # 0表示背景,忽略它
    if label == 0:
        continue
    # 否则,为标签区域分配内存并将其绘制在掩码上
    mask = np.zeros(gray.shape, dtype="uint8")
    mask[labels == label] = 255
    # 在mask中检测轮廓并抓取最大的一个
    cnts = cv2.findContours(mask.copy(), cv2.RETR_EXTERNAL,
                            cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
    cnts = imutils.grab_contours(cnts)
    c = max(cnts, key=cv2.contourArea)
    # 在物体周围画一个圆
    ((x, y), r) = cv2.minEnclosingCircle(c)
    cv2.circle(image, (int(x), int(y)), int(r), (0, 255, 0), 2)
    cv2.putText(image, "#{}".format(label), (int(x) - 10, int(y)),
                cv2.FONT_HERSHEY_SIMPLEX, 0.6, (0, 0, 255), 2)
# 显示输出图像
cv2.imshow("Output", image)
cv2.waitKey(0)

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十个标记,发现三不见了,debug 分析,3 和 2 重复了,改下代码跳过 2 即可显示 3

for label in np.unique(labels):
    if label == 2:
        continue

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3、效果展示

输入图片

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输出结果

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输入图片

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白色背景,二值化的时候注意下前景背景要反过来,或者

thresh = cv2.bitwise_not(thresh)

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输入图片

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输入图片

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输入图片

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输入图片

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可以观察到边界还是没有那么完美的

4、完整代码

# 打开一个新文件,将其命名为 watershed.py ,然后插入以下代码:

# 导入必要的包
from skimage.feature import peak_local_max
from skimage.morphology import watershed
from scipy import ndimage
import numpy as np
import argparse
import imutils
import cv2

# 构造参数解析并解析参数
ap = argparse.ArgumentParser()
# ap.add_argument("-i", "--image", default="HFOUG.jpg", help="path to input image")
ap.add_argument("-i", "--image", default="3.jpg", help="path to input image")
args = vars(ap.parse_args())

# 加载图像并执行金字塔均值偏移滤波以辅助阈值化步骤
image = cv2.imread(args["image"])
cv2.imshow("Input", image)

shifted = cv2.pyrMeanShiftFiltering(image, 21, 51)
cv2.imshow("Shifted", shifted)

# 将图像转换为灰度,然后应用大津阈值
gray = cv2.cvtColor(shifted, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
thresh = cv2.threshold(gray, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY | cv2.THRESH_OTSU)[1]
# thresh = cv2.bitwise_not(thresh)  # 白色背景时可以开启

cv2.imshow("Thresh", thresh)

# 计算从每个二进制图像中的像素到最近的零像素的精确欧氏距离,然后找出这个距离图中的峰值
D = ndimage.distance_transform_edt(thresh)

# 可视化距离函数
D_show = cv2.normalize(D, None, 0, 1, cv2.NORM_MINMAX)
# print(np.max(D_show))
cv2.imshow("D_show", D_show)


# 以坐标列表(indices=True)或布尔掩码(indices=False)的形式查找图像中的峰值。峰值是2 * min_distance + 1区域内的局部最大值。
# (即峰值之间至少相隔min_distance)。此处我们将确保峰值之间至少有20像素的距离。
localMax = peak_local_max(D, indices=False, min_distance=20, labels=thresh)
# 可视化localMax
temp = localMax.astype(np.uint8)
cv2.imshow("localMax", temp * 255)
# 使用8-连通性对局部峰值进行连接成分分析,然后应用分水岭算法
# scipy.ndimage.label(input, structure=None, output=None)
# input :待标记的数组对象。输入中的任何非零值都被视为待标记对象,零值被视为背景。
# structure:定义要素连接的结构化元素。对于二维数组。默认是四连通, 此处选择8连通
#
markers = ndimage.label(localMax, structure=np.ones((3, 3)))[0]  # [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]

# 可视化markers
temp_markers = markers.astype(np.uint8)
cv2.imshow("temp_markers", temp_markers * 20)

# 由于分水岭算法假设我们的标记代表距离图中的局部最小值(即山谷),因此我们取 D 的负值。
labels = watershed(-D, markers, mask=thresh)
print("[INFO] {} unique segments found".format(len(np.unique(labels)) - 1))

# 循环遍历分水岭算法返回的标签
for label in np.unique(labels):
    # 0表示背景,忽略它
    if label == 0:
        continue
    # 否则,为标签区域分配内存并将其绘制在掩码上
    mask = np.zeros(gray.shape, dtype="uint8")
    mask[labels == label] = 255
    # 在mask中检测轮廓并抓取最大的一个
    cnts = cv2.findContours(mask.copy(), cv2.RETR_EXTERNAL,
                            cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
    cnts = imutils.grab_contours(cnts)
    c = max(cnts, key=cv2.contourArea)
    # 在物体周围画一个圆
    ((x, y), r) = cv2.minEnclosingCircle(c)
    cv2.circle(image, (int(x), int(y)), int(r), (0, 255, 0), 2)
    cv2.putText(image, "#{}".format(label), (int(x) - 10, int(y)),
                cv2.FONT_HERSHEY_SIMPLEX, 0.6, (0, 0, 255), 2)
# 显示输出图像
cv2.imshow("Output", image)
cv2.imwrite(f"result_{args['image']}", image)
cv2.waitKey(0)

绘制轮廓而不是圆形的画,改下最后绘制的代码即可

# 打开一个新文件,将其命名为 watershed.py ,然后插入以下代码:

# 导入必要的包
from skimage.feature import peak_local_max
from skimage.morphology import watershed
from scipy import ndimage
import numpy as np
import argparse
import imutils
import cv2
import random as rng

# 构造参数解析并解析参数
ap = argparse.ArgumentParser()
# ap.add_argument("-i", "--image", default="HFOUG.jpg", help="path to input image")
ap.add_argument("-i", "--image", default="1.jpg", help="path to input image")
args = vars(ap.parse_args())

# 加载图像并执行金字塔均值偏移滤波以辅助阈值化步骤
image = cv2.imread(args["image"])
cv2.imshow("Input", image)

shifted = cv2.pyrMeanShiftFiltering(image, 21, 51)
cv2.imshow("Shifted", shifted)

# 将图像转换为灰度,然后应用大津阈值
gray = cv2.cvtColor(shifted, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
thresh = cv2.threshold(gray, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY | cv2.THRESH_OTSU)[1]
# thresh = cv2.bitwise_not(thresh)  # 白色背景时可以开启

cv2.imshow("Thresh", thresh)

# 计算从每个二进制图像中的像素到最近的零像素的精确欧氏距离,然后找出这个距离图中的峰值
D = ndimage.distance_transform_edt(thresh)

# 可视化距离函数
D_show = cv2.normalize(D, None, 0, 1, cv2.NORM_MINMAX)
# print(np.max(D_show))
cv2.imshow("D_show", D_show)


# 以坐标列表(indices=True)或布尔掩码(indices=False)的形式查找图像中的峰值。峰值是2 * min_distance + 1区域内的局部最大值。
# (即峰值之间至少相隔min_distance)。此处我们将确保峰值之间至少有20像素的距离。
localMax = peak_local_max(D, indices=False, min_distance=20, labels=thresh)
# 可视化localMax
temp = localMax.astype(np.uint8)
cv2.imshow("localMax", temp * 255)
# 使用8-连通性对局部峰值进行连接成分分析,然后应用分水岭算法
# scipy.ndimage.label(input, structure=None, output=None)
# input :待标记的数组对象。输入中的任何非零值都被视为待标记对象,零值被视为背景。
# structure:定义要素连接的结构化元素。对于二维数组。默认是四连通, 此处选择8连通
#
markers = ndimage.label(localMax, structure=np.ones((3, 3)))[0]  # [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]

# 可视化markers
temp_markers = markers.astype(np.uint8)
cv2.imshow("temp_markers", temp_markers * 20)

# 由于分水岭算法假设我们的标记代表距离图中的局部最小值(即山谷),因此我们取 D 的负值。
labels = watershed(-D, markers, mask=thresh)
print("[INFO] {} unique segments found".format(len(np.unique(labels)) - 1))

# 循环遍历分水岭算法返回的标签
for label in np.unique(labels):
    # 0表示背景,忽略它
    if label == 0:
        continue
    # 否则,为标签区域分配内存并将其绘制在掩码上
    mask = np.zeros(gray.shape, dtype="uint8")
    mask[labels == label] = 255
    # 在mask中检测轮廓并抓取最大的一个
    cnts = cv2.findContours(mask.copy(), cv2.RETR_EXTERNAL,
                            cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
    cnts = imutils.grab_contours(cnts)

    color = (rng.randint(0, 256), rng.randint(0, 256), rng.randint(0, 256))
    cv2.drawContours(image, cnts, -1, color, 3)  # 轮廓标记从1开始

# 显示输出图像
cv2.imshow("Output", image)
cv2.imwrite(f"result_{args['image']}", image)
cv2.waitKey(0)

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5、参考

Opencv中的分水岭算法(watershed algorithm)是一种自动图像分割算法,常用于分离图像中的前景和背景。下面是使用Opencv中的分水岭算法进行图像分割的步骤: 1. 读入图像并进行预处理,如去噪、灰度化等。 2. 对图像进行二值化处理,得到前景和背景的二值图像。 3. 对二值图像进行距离变换(distance transform),得到每个像素离最近的背景像素的距离。 4. 对距离变换后的图像进行阈值处理,得到图像的分水岭标记(watershed markers)。 5. 对分水岭标记进行修正,确保标记不会重叠或出现空洞。 6. 对分水岭标记应用分水岭算法,得到分割后的图像。 下面是使用Opencv实现分水岭算法的示例代码: ```python import cv2 import numpy as np # 读取图像并进行预处理 img = cv2.imread('input.jpg') gray = cv2.cvtColor(img,cv2.COLOR_BGR2GRAY) ret, thresh = cv2.threshold(gray,0,255,cv2.THRESH_BINARY_INV+cv2.THRESH_OTSU) # 进行距离变换 dist_transform = cv2.distanceTransform(thresh,cv2.DIST_L2,5) ret, sure_fg = cv2.threshold(dist_transform,0.7*dist_transform.max(),255,0) # 获取分水岭标记 sure_fg = np.uint8(sure_fg) unknown = cv2.subtract(thresh,sure_fg) ret, markers = cv2.connectedComponents(sure_fg) markers = markers+1 markers[unknown==255] = 0 # 修正分水岭标记 markers = cv2.watershed(img,markers) img[markers == -1] = [255,0,0] # 显示分割结果 cv2.imshow('result', img) cv2.waitKey(0) cv2.destroyAllWindows() ``` 这段代码中,我们首先读入一张图像并进行预处理,然后进行距离变换,得到每个像素到最近的背景像素的距离。接着使用阈值处理得到分水岭标记,修正分水岭标记并应用分水岭算法,最后显示分割结果。
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