【Noise-Label】《Training a Neural Network Based on Unreliable Human Annotation of Medical Images》

2018 IEEE 15th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI 2018)

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1 Background and Motivation

不同于自然图像的 annotation，医学图像很难去 obtain a perfect set of labels，因为 the complexity of the medical data and the large variability between experts.

一个可行的方法

• cope with unreliable annotation is to collect labeling from multiple experts.（time consuming，需要专家和研究者的密切合作）

先驱们（CIFAR-10 或者 MNIST dataset 上）

• 《Training deep neural networks based on unreliable labels》
• 《Learning from noisy labels with deep neural networks》
• 《Training deep neural networks using a noise adaptation layer》

作者承接前人的工作，将其运用在 breast microcalcifications 的分类上， to predict whether a suspicious region on a medical image is malignant（恶性的） or benign（良性的）

2 Innovations

针对 UNRELIABLE HUMAN ANNOTATION OF MEDICAL IMAGES 提出了一种解决的办法，加 noisy label

3 Method

网络结构很简单，输入 28 维度的基于 RoI 提取的人工特征，two 24-d 的 hidden layer，然后 2 分类的 output layer
参数量
（28*24+ 24）+ （24*24+24）+ （24*2+2）= 29*24 + 25*24 +25*2

3.1 TRAINING A DEEP NEURAL NETWORK WITH A NOISY CHANNEL

• noisy channel：models the stochastic relation between the correct label and the observed noisy label.

训练的时候加 noisy channel component，测试的时候 remove

1）neural network model，the probability of input $x$ being labeled as $i$ is

$k$-$class$ classification problems，label 为 $1,2，\dots \dots k$

• $h(x)$：non-linear function
• $w_o$, $b_o$：the parameters of the output soft-max layer（指的是计算 logits 的 $w$ 和 $b$）
• $y$：correct medical diagnosis

2）noise model
$$\theta (i,j)=p(z=j|y=i)$$

• $y$：correct medical diagnosis
• $z$：manual annotation provided by an expert（annotation）

可以这么理解，网络学出来的可能是对的，但是标签是错的，用一个概率模型转换一下

3）The combined neural-net model with noisy labels


4）log-likelihood function

• $t$：$t$-th$ sample
• $i$：$i$-th classification

网络要学的 parameters 是 $w$ 和 $\theta$ 去 maximize the likelihood function，但是 $y_t$ 是 hidden 的，解决这类问题的标配是 Expectation-Maximization（EM）algorithm，但是 EM 是 greedy optimization procedure，容易陷入到局部最优解！且需要反复的迭代（这就要训练模型好多次了，显然不太优雅），然后才能找到最优的模型参数，参考 Expectation Maximization 的 Introduction 部分！！！

5) 另辟蹊径

EM 不太可行，那怎么办呢？作者直接把公式（3）作为 neural network 的 objective function，把 $\theta$ 看成是一个 linear function，简化一下公式（2）如下：

• $P_z$：the soft-decision distribution of noisy label
• $P_y$：the soft-decision distribution of correct label

整个模型落地为

$\theta$ 落地为

这里对 b 进行 softmax 怎么理解呢？是直接把 $\theta$ * $P_y$ 的结果当成 softmax 之后的结果与 one-hot 进行 loss 的计算呢？还是把 $\theta$ * $P_y$ 的结果当成 logits 与 one-hot 进行 loss 的计算！！！

6）歧义（degree of freedom）
我们想要的结果是，通过引入 noisy channel，学 $\theta$ 把网络检测出来的正确结果（$y$），转化为标错的（$z$），但是有可能学到的是 ${\theta }^T$，也即网络学到了 $z$，加 noisy channel 之后学到了 $y$！为了避免这种情况，作者先不加 noisy channel 进行训练，然后初始化加了 noisy channel 的网络，再进行训练！确保 noisy channel 是对 $y\to z$ 过程的学习！

4 Experiments

DDSM dataset

• 1410 clusters (705 of CC, and 705 of MLO), of which 372 were benign and 333 were malignant. CC 和 MLO 是两种不同的视角获取的图片

• 作者是取 RoI 然后分别从 CC 和 MLO 各提取人工特征 vector（14）

• 作者 generated noisy data from clean data by randomly changing some of the labels 来模拟专家标注的图片

• 10-fold cross validation（train and val）

• 3 methods

• two different tissue-density categories

• 横坐标就是人工加入的干扰项的比例，比如 0.4 表示有 40% 的错标
• 可以注意到 Fig.5 加了 noisy label 比 baseline 高
• The noise probability that was learned in that case was 0.05.

future work 是把这些方法用到其他的 medical imaging task

5 Conclusion（own）

不晓得是不是自己理解错了，加 noisy layer 的目的是为了让网络去更好的拟合错误的标签！不加 noisy layer 网络可能是正确的（真实的），加了之后，去拟合错误的标签！总感觉怪怪的！

而且 baseline 要是在与加载预训练模型之后才有对比性，不然加载预训练模型的效果肯定会变好！！！