我的第一个生物基因软件

最新推荐文章于 2024-10-16 10:13:45 发布
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分类专栏： 数据库 La base de données webservice and ontology Java 文章标签： 生物 搜索引擎 java 语言 网络
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第一次开发类似于生物化学的程序，基于网络服务，使用JAVA语言编写，昨天总算初步完成，我在国内看类似的东西好像不多，我贴几个我程序图片，欢迎同行点评。

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茄科四个参考基因组-文献精读41
weixin_44874487的博客
08-31 1554
东莨菪碱和莨菪碱（HS）是两种具有重要药用价值的莨菪烷生物碱，它们存在于茄科家族中多个关系较远的谱系中。在本研究中，我们测序了来自这些谱系的三种代表性HS产生物种的基因组，以及一种不产生HS的物种。我们的分析揭示了这三种HS产生物种中共同负责HS合成的生物合成途径。我们观察到在茄科家族中两类物种中与HS合成相关的基因高度共线性。通过在关键位点引入功能获得和功能丧失突变，我们分别验证了两类物种中与HS合成相关的关键基因功能的减少/丧失或重新激活。
高中生物选修3第一章基因工程习题及答案.doc
05-08
本章节涉及了高中生物选修3第一章基因工程中的免疫学原理及其应用。具体地，题目通过SARS病毒引发的非典型肺炎病例探讨了三种不同的研究方向，即甲、乙、丙的研究。这些研究利用了免疫学原理来探索治疗方法以及疫苗...
linux下微生物软件,生物信息学3：微生物基因组学常用软件安装
weixin_39990660的博客
05-03 1101
一、Linux 安装软件的常用方法：(1)将可执行程序加入环境变量一些软件包内包含的是可执行程序，不需要进行编译，这类程序可以在软件目录中通过终端“./主程序名”命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的“zshrc”、“bashrc”以及/etc目录下的“profile”。(2)创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下可以视为方法一的另一种...
真核生物基因组的基因分析和预测
生物医学信息学博客
06-05 1万+
真核生物基因组的基因分析和预测 # 一、摘要 加深基因预测基本原理的理解（如 密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等）； 了解同源基因预测的意义所在； 熟悉已有的基因预测的使用（如GenScan、GeneWise等）； 二、材料和方法 1、硬件平台 处理器:Intel（R） Core（TM）i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM)：16.0...
生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列
Baimoc
03-13 2万+
一、 序列数据的下载 在开始了解序列的处理流程时，我们先要知道序列下载网址。其中一个知名的网站就是NCBI （National Center for Biotechnology Information）美国国立生物技术信息中心。 1、通过如下的网站进入 NCBI ，可以看到它包含许多的子库，其中 Gene 就是我们一般下载基因序列的库，接下来，在后面的输入框输入 oct4 并点击 Search。 ...
METABOLIC：微生物基因组群落规模功能网络分析
Asa12138的博客
07-24 819
METABOLIC是一款基于微生物群的生物化学分析软件，能够预测任何给定基因组数据集的代谢和生物地球化学功能性状特征。
Nature | 原核生物基因的生物地理学研究
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
12-21 2122
摘要微生物基因编码了地球上生命的大部分功能。目前人们对基因在全球生物圈的分布以及对人类和地球健康的影响知之甚少。本研究构建了一个来自14种生境的公开可用的宏基因组的3.03亿个物种级基因非...
rust-mdbg 一款用于基因组组装的高效率软件
Xingze_Li
10-31 1769
写在前面 rust-mdbg 是一种超快的minimizer-space de Bruijn graphs (mdBG) 实现，适用于组装长而准确的读数，例如PacBio HiFi。 随着18年以来Pacbio HiFi reads的出现，让一些复杂基因组的组装不再复杂，而且有越来越多的课题组也加入到了基因组学的研究中，正是因为有了高精度长读长的reads，目前也产生了很多专门用于HiFi组装的软件，如Hifiasm，当然这篇文章的软件的算法，可以用超短时间，低内存去组装。我相信随着不断的发展，以后做组装的
Prodigal-原核生物基因预测
Neptuneyut的博客
02-06 1万+
文章目录参考 prodigal -i my.metagenome.fna -o my.genes -a my.proteins.faa -p meta nohup time prodigal -a HTR8.faa -d HTR8.fna -f gff -o HTR8.gff -p meta -i ../HTR8_Megahit.fa &>HTR8.log & -a: 输出选中文件的蛋白翻译结果. -c: 不允许注释的基因超出基因组序列的边缘. -d: 将基因序列输出到该文件
生物基因数据文件——vcf格式详解
热门推荐
vickyleexy's blog
04-24 6万+
转载于：1.什么是vcf文件VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的CVF格式有点差别。2.VCF的主体结构##fileformat=VCFv4.0 ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##INFO= ##IN
基因工程第二章基因工程的基本操作程序优品文档.ppt
11-13
1. 从生物基因组中分离：通过限制性内切酶酶切法（如鸟枪法）或mRNA/cDNA差异显示法等。 2. 人工合成：对于已知序列的目的基因，可以通过化学合成的方式得到。 3. PCR扩增：利用聚合酶链式反应技术，可以高效地复制...
基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件.pdf
09-25
【基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件】 宏基因组学是研究环境样本中微生物群落整体基因组的学科，它涉及到对大量不可培养微生物的基因组信息进行分析。随着高通量测序技术（第二代测序）的发展，宏基因组...
单个基因生物信息学分析视频教程-完整版.zip
03-19
9. 实验验证：尽管生物信息学分析是重要的第一步，但实验验证是必不可少的。学习者将了解如何设计PCR实验、CRISPR-Cas9编辑实验等，以验证生物信息学预测的结果。 通过本套视频教程，无论是生物信息学初学者还是有...
美光科技股价分析：现在是买入美光科技股票的最佳时机吗？
weixin_60999797的博客
10-09 917
（4）猛兽财经对美光科技股票的技术分析：如果美光科技的股价能突破107美元的阻力位并且不跌破这个价格，那么多头将重新控制该股，看涨的投资者可以在这个价位上买入，并将96.3美元设为止损位。如果美光科技的股价能突破107美元的阻力位并且不跌破这个价格，那么多头将重新控制该股，看涨的投资者可以在这个价位上买入，并将96.3美元设为止损位。即使在有大量的资本支出的情况下，美光科技依然在本季度产生了34.1亿美元的现金流，以及3.23亿美元的自由现金流。
【C++刷题】力扣-#121-买卖股票的最佳时机
最新发布
会写代码的饭桶
10-16 324
给定一个数组 prices，其中 prices[i] 表示第 i 天的股票价格。假设你可以在第 i 天买入并在第 j 天卖出股票（i ≤ j），设计一个算法来计算你所能获取的最大利润。注意你只能持有一股股票，并且你不能同时参与多笔交易（即在再次买入前必须卖出股票）。
基于SSM班级事务管理系统的设计
2401_87849773的博客
10-15 391
管理员账户功能包括：系统首页，个人中心，学生管理，班委管理，班会组织管理，健康档案管理，党员发展管理，党员培训管理，学生成绩管理。主要技术：Java,Spring,mybatis,mysql,jquery,html。班委账号功能包括：系统首页，学生管理，学生成绩管理，活动信息管理，班费通知管理。服务器：SpringBoot自带 apache tomcat。JDK版本：Java JDK1.8。数据库可视化工具： navicat。数据库版本： mysql5.7。开发系统：Windows。
Java分布式锁
juanmiao的专栏
10-12 703
每种方法都有其优点和适应的场景，数据库通常简单，但可能存在性能问题，redis非常快，但需要第三方库，并且可能引入网诺问题，Zookeeper提供了更复杂的同步原语，但需要额外学习曲线。分布式锁的实现比线程锁和进程锁要复杂得多，因为它需要在网诺中的多个节点之间进行协调，以保证锁的唯一性和一致性。在实现分布式锁时，通常会有一个中心节点（或者称为锁服务），所有需要获取锁的节点都需要向这个中心节点申请。这个中心节点负责协调和管理所有节点的锁请求，确保锁的唯一性和一致性。创建临时节点，执行业务逻辑，释放锁。
Java安卓开发之Fragment开发（通俗易懂版）——第8章
一个脚本小子的博客
10-13 690
FragmentManager中的getSupportFragmentManager()方法不支持Activity，不论是旧版的FragmentManager还是新版的，因此我们要把继承Activity类改成继承AppCompatActivity类。
确保Spring Boot定时任务只执行一次方案
2301_76419561的博客
10-14 554
确保Spring Boot定时任务只执行一次有多种方法，你可以根据实际需求选择最适合的方法。如果你需要更复杂的任务调度或周期性执行，@Scheduled注解和接口是更合适的选择。而对于一次性的初始化任务或应用程序启动任务，注解和实现接口则更为简洁明了。
生物信息学：蛋白质结构预测与基因组分析
书中的第二章至第六章详细介绍了数据处理、序列比对、基因组注释、SNP分析和进化分析的常用软件及其应用，这些内容对于生物信息学初学者和专业研究人员都是宝贵的参考资料。例如，基因组分析中涉及的重复序列识别...
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