Python实现：已知化学分子的输入文件坐标（高斯计算输入文件为例），求其中任意三个原子确定的平面的法向量和单位法向量

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已于 2022-02-23 21:14:15 修改

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分类专栏：计算化学文章标签： python 平面几何学科技矩阵

于 2022-02-18 17:14:48 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/carlos_zhao/article/details/123004142

版权

计算化学在处理实际化学问题时，比如需要在某一化学平面的法向量上进行分子操作，这时最重要的是确定化学平面和求法向量，才能进行后续的操作（如下图所示），下面以高斯输入文件为例，用python代码实现该功能，包括以下两部分：

1. 确定化学平面：一般通过三个点确定，也就是三个原子的坐标确定一个化学平面；

2. 计算法向量和单位法向量

以下输入文件为例：

以下信息复制到新文件，命名为xx.gjf，具体如下：

%nprocshared=20
%mem=2000MB
%chk=xx.chk
# ub3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

Title Card Required

0 2
 C                 -0.07799900   -0.06595600    1.16020400
 C                  0.28486000    0.24116000   -0.05689700
 Sc                -0.57500900   -2.04502600    0.35332800
 Sc                 2.15465200    0.28669700    1.05119200
 Sc                -1.43262200    1.53516600    0.33122200
 C                  1.07300100   -3.58961700   -0.99271100
 C                  0.64679900   -2.84267000   -2.13946700
 C                  2.30603300   -3.23292800   -0.33821000
 C                  3.11036400   -2.22051000   -0.93080800
 C                  2.69014500   -1.51047400   -2.10623700
 C                  1.43348100   -1.78981800   -2.72004200
 C                 -0.09411100   -4.12378500   -0.30887600
 C

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AI智能体 | 使用Coze制作茶艺和茶生活混剪视频（附保姆级教程）

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2️⃣ Coze创建智能体教学（2025年全新版本）

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这里要注意一下，如果我们要使用阿里云百炼平台的API接口进行视频音频的文案提取，就需要一个插件，把百炼平台提供的SDK进行封装。📢 当然，如果你也想开发一个和我一样的插件，可以到我的知识星球领取插件源代码，以及插件开发的视频教程，创建自己的视频文案提取插件，这样就完全无需考虑代码安全性的问题了。（加入方法见文章结尾）📢 使用提示：这里要注意一下，百炼平台的API KEY的免费额度使用完后，是要收费的，如有大量使用的同学，请及时关注自己的账户情况。创建好以后，我们点击「创建我的API-KEY」。

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