shell批量将高斯输出(.out/.log)文件转化成输入文件

        将高斯输出文件坐标转化成下一次计算的输入文件时，如果只是少数几个输出文件，手动提取无操作焦虑，但是如果是几十个，甚至是上万个，手动显然不现实，下面的Shell脚本可以批量实现一键提取（注：这是在前人智慧基础上的改进版，解决了原版本需要每次手动输入原子数的问题）：

        使用方法：

        1.以下代码复制进后缀为.sh的文件(如xx.sh)，传入linux下目标文件所在文件夹

        2.cd进所在文件夹，chmod 777 xx.sh

        3.在终端输入：./xx.sh &

        等待执行完毕后产生一个out2gjf文件夹，新生成输入文件在该文件夹内

#!/bin/bash
dir=out2gjf
mkdir ${dir}

for i in *.out    #如果输出文件后缀是.log，请将*.out修改成*.log
do
fil=`echo ${i}|sed "s/out/gjf/g"`    #对每一个输出文件的后缀out变成gjf，并赋值回file
n=`more ${i}|cat -n|grep Number|tail -n 1|cut -c 1-8`    #读取输出文件，通过cat -n对每一行编号，再通过grep抓取出关键词Number所在的所有行，最后通过tail和cut提取最后一行所在的行号
((n=n+2))    #第一个坐标出现在第n+2那一行，赋值回n
atoms_num=`more ${i}|cat -n|grep Rotational|tail -n 1|cut -c 1-8`-1-n	#读取分子原子数

#以下小段可以自定义下一步计算的使用的方法关键词等信息
echo "%nprocshared=4
#b3lyp/3-21g opt" > ${dir}/${fil}
echo "" >> ${dir}/${fil}
echo ${i} >> ${dir}/${fil}
echo "" >> ${dir}/${fil}
echo "0 1" >> ${dir}/${fil}

#以下小段提取坐标
ido=0
while((${ido} < $atoms_num))
do 
	((m=n+ido))
	more -- ${i} |head -n ${m}|tail -n 1|cut -c 14-99 >> ${dir}/${fil}
	((ido=ido+1))
done
echo "" >> ${dir}/${fil}
echo "" >> ${dir}/${fil}

done