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计算化学
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linux批处理脚本随笔~根据文件内容和文件名批量删除文件
linux批处理脚本随笔~根据文件内容和文件名批量删除文件原创 2022-10-08 20:43:00 · 1256 阅读 · 2 评论 -
shell批量将高斯输出(.out/.log)文件转化成输入文件
1.以下代码复制进后缀为.sh的文件(如xx.sh),传入linux下目标文件所在文件夹。等待执行完毕后产生一个out2gjf文件夹,新生成输入文件在该文件夹内。2.cd进所在文件夹,chmod777xx.sh。3.在终端输入./xx.sh&...原创 2022-07-20 11:17:09 · 1786 阅读 · 0 评论 -
Vasp进行分子动力学模拟关键词解析及计算示例1
针对周期性体系的分子动力学模拟示例(包含计算所需输入文件)-vasp计算原创 2022-06-12 20:25:18 · 20241 阅读 · 4 评论 -
将vasp结构优化的每一步(XDATCAR文件)转化成POSCAR文件,通过VESTA实现可视化
vasp优化过程转化成POSCAR文件,将优化的每一离子步可视化原创 2022-04-18 19:03:21 · 4545 阅读 · 1 评论 -
Shell单个或者批量提交高斯计算任务脚本及详解(g16/g09/g03版本)
批量提交高斯g16任务脚本安装的高斯版本为g16版,如果是其它版本请做对应的修改1.批量提交目录所在所有文件夹下高斯任务:#!/bin/bashfor i in $(ls)do([ -d $i ] && cd ${i} && g16 *.gjf)done...原创 2022-04-07 23:32:11 · 7900 阅读 · 0 评论 -
高斯输出文件批量提取单点能:Shell脚本处理
在统计高斯输出文件单点能时,如果只是几个输出文件,手动提取不觉得麻烦,但是如果是几十个,甚至是上万个,手动提取能量显然不太现实,下面的Shell脚本可以批量实现一键提取,自取之:#!/bin/bashdir=AbnormalEnergymkdir ${dir}for i in ./*.out #这里./是避免文件名中存在特殊字符,如连接符'-'doaa=`more ${i} | grep 'Normal termination'|cut -c 1-7` #在文件中搜索 'Normal te原创 2022-03-07 20:06:36 · 1134 阅读 · 1 评论 -
Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接(详细讲解)
linux系统为centos7.0按照下面操作安装AutoDockTools(MGLTools)1. 下载安装包,链接(https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/),我的linux系统是64位,下载红色标记源代码,拷贝入linux目标文件夹下。2. shell终端进行安装:1. 终端进入安装包所在文件夹,并获取root权限;赋予代码安装权限;cd /home/... #目标文件夹,根据目标程序文件位置进行更改su #获原创 2022-02-09 16:57:59 · 11893 阅读 · 4 评论 -
用Python代码批量处理CP2K动力学计算结果坐标文件(适合数万个分子坐标的批处理)
文件中特定几个原子与分子上其它特定基团原子的距离中,筛选最短距离,比如统计在动力学计算中π-π堆叠的最近距离变化趋势等,代码适合计算化学相关领域人士阅读,该脚本可以极大提高处理具有重复单元的大文件工作效率。通过CP2K计算的分子动力学结果文件,目的是处理输出的坐标文件(不限于坐标文件,比如电荷、波函数、电子密度等处理,简单说就是用于处理一切重复单元的大文本文件):以下是CP2K输出的坐标格式: 264 #代表该分子一共有264个原子i = ...原创 2022-01-11 21:50:58 · 1512 阅读 · 0 评论 -
Python实现:在高斯计算中,如何操控客体分子穿过主体分子(或者客体分子围绕主体分子的任意方向旋转)和计算该过程能量变化(Gaussion09和Gaussion16输入文件为例,一键批量处理)
注:该Python代码可以实现所有高斯(Gauss)计算输入文件的处理(特别是针对超分子体系的路径建模非常有用,也可以作为处理其它体系的参考)。正文如下: 超分子建模过程中,如果需要模拟客体分子穿过主体分子孔洞的过程(如小分子穿过大环分子)的能量变化,或者相互作用力的变化,具体实例如图一所示,球状富勒烯C60穿过一个分子环的过程。图一假设大环是由10个苯环通过σ键连接而成,形成[10]CPP,中文名称10环对苯撑,富勒烯C60分...原创 2022-02-23 21:06:39 · 2383 阅读 · 3 评论 -
Python实现:已知化学分子的输入文件坐标(高斯计算输入文件为例),求其中任意三个原子确定的平面的法向量和单位法向量
计算化学在处理实际化学问题时,比如需要在某一化学平面的法向量上进行分子操作,这时最重要的是确定化学平面和求法向量,才能进行后续的操作(如下图所示),下面以高斯输入文件为例,用python代码实现该功能,包括以下两部分:1. 确定化学平面:一般通过三个点确定,也就是三个原子的坐标确定一个化学平面;2. 计算法向量和单位法向量以下输入文件为例:以下信息复制到新文件,命名为xx.gjf,具体如下:%nprocshared=2...原创 2022-02-18 17:14:48 · 1559 阅读 · 0 评论