R语言---将对称方阵转换为两两对应的关系

R语言—将对称方阵转换为两两对应的格式

1. 需求描述

有时候会有矩阵（ n*n）转换为两两对应关系的需求，例如：

Row/Column	A	B	C
A	1	2	3
B	2	3	4
C	3	4	0

可以看到上面的方阵是右上角和左下角对称的，这样的数据可以转换为两两关系，这样更清晰，也能更好的适应一些软件，上面的方阵可以转换为下面的六行数据：

Column1	Column2	Value
A	A	1
A	B	2
A	C	3
B	B	3
B	C	4
C	C	0

2. R语言实现

在R语言中，借助R包reshape2，首先随机生成一个对称方阵mat：

> set.seed(1)
> mat=matrix(runif(16),4,4)
> mat
          [,1]      [,2]       [,3]      [,4]
[1,] 0.2655087 0.2016819 0.62911404 0.6870228
[2,] 0.3721239 0.8983897 0.06178627 0.3841037
[3,] 0.5728534 0.9446753 0.20597457 0.7698414
[4,] 0.9082078 0.6607978 0.17655675 0.4976992
> mat[lower.tri(mat)] <- t(mat)[lower.tri(mat)]
> mat
          [,1]       [,2]       [,3]      [,4]
[1,] 0.2655087 0.20168193 0.62911404 0.6870228
[2,] 0.2016819 0.89838968 0.06178627 0.3841037
[3,] 0.6291140 0.06178627 0.20597457 0.7698414
[4,] 0.6870228 0.38410372 0.76984142 0.4976992

然后将上三角阵转换为NA，再使用reshape2::melt函数即可：

## 替换上三角阵为NA
> mat[upper.tri(mat)] = NA
> mat
          [,1]       [,2]      [,3]      [,4]
[1,] 0.2655087         NA        NA        NA
[2,] 0.2016819 0.89838968        NA        NA
[3,] 0.6291140 0.06178627 0.2059746        NA
[4,] 0.6870228 0.38410372 0.7698414 0.4976992

## 将下三角阵转换为两两对应的关系
> reshape2::melt(mat, na.rm=T)
   Var1 Var2      value
1     1    1 0.26550866
2     2    1 0.20168193
3     3    1 0.62911404
4     4    1 0.68702285
6     2    2 0.89838968
7     3    2 0.06178627
8     4    2 0.38410372
11    3    3 0.20597457
12    4    3 0.76984142
16    4    4 0.49769924

至此，完成了对称方阵转换为两两对应关系的结果。