【图神经网络 || GNN】图相关的基本知识代码

图相关的基本知识代码

# -*- encoding: utf-8 -*-
# @time:  2022/2/10 12:51
# @author: chenTao
# @file:  Graph_basic.py
import numpy as np
import pandas as pd
import networkx as nx

edges = pd.DataFrame()
edges['sources'] = [1,1,1,2,2,3,3,4,4,5,5,5]
edges['targets'] = [2,4,5,3,1,2,5,1,5,1,3,4]
edges['weights'] = [1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]

G = nx.from_pandas_edgelist(edges,source='sources',target='targets',edge_attr='weights')
#degree
print(nx.degree(G))
#连通分量
print(list(nx.connected_components(G)))
#图直径
print(nx.diameter(G))
#度中心性 = (N_degree)/(n-1);n图中结点数量
print(nx.degree_centrality(G))
#特征向量中心性 A*x= 入*x
#第一,按照公式求出特征值和特征向量, 选择具有最大特征值对应的特征向量
# 该特征向量对应的每个值就是对应节点的特征向量中心性
print(nx.eigenvector_centrality(G))
# 中介中心性 betweenness = (经过该节点的最短路径的条数之和 )/(其余两两节点的最短路径 )
#分母不是最短路径而是其余两两节点的组合情况,比如A到其余四个节点四种组合,一共有五个这样的节点 就是四乘五
print(nx.betweenness_centrality(G))
#closeness
print(nx.closeness_centrality(G))
#pagerank
print(nx.pagerank(G))
#HITS
print(nx.hits(G))

注:
在这里插入图片描述

在这里插入图片描述
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# GPF ## 一、GPF(Graph Processing Flow):利用神经网络处理问题的一般化流程 1、节点预表示:利用NE框架,直接获得全每个节点的Embedding; 2、正负样本采样:(1)单节点样本;(2)节点对样本; 3、抽取封闭子:可做类化处理,建立一种通用数据结构; 4、子特征融合:预表示、节点特征、全局特征、边特征; 5、网络配置:可以是输入、输出的网络;也可以是输入,分类/聚类结果输出的网络; 6、训练和测试; ## 二、主要文件: 1、graph.py:读入数据; 2、embeddings.py:预表示学习; 3、sample.py:采样; 4、subgraphs.py/s2vGraph.py:抽取子; 5、batchgraph.py:子特征融合; 6、classifier.py:网络配置; 7、parameters.py/until.py:参数配置/帮助文件; ## 三、使用 1、在parameters.py中配置相关参数(可默认); 2、在example/文件夹中运行相应的案例文件--包括链接预测、节点状态预测; 以链接预测为例: ### 1、导入配置参数 ```from parameters import parser, cmd_embed, cmd_opt``` ### 2、参数转换 ``` args = parser.parse_args() args.cuda = not args.noCuda and torch.cuda.is_available() torch.manual_seed(args.seed) if args.cuda: torch.cuda.manual_seed(args.seed) if args.hop != 'auto': args.hop = int(args.hop) if args.maxNodesPerHop is not None: args.maxNodesPerHop = int(args.maxNodesPerHop) ``` ### 3、读取数据 ``` g = graph.Graph() g.read_edgelist(filename=args.dataName, weighted=args.weighted, directed=args.directed) g.read_node_status(filename=args.labelName) ``` ### 4、获取全节点的Embedding ``` embed_args = cmd_embed.parse_args() embeddings = embeddings.learn_embeddings(g, embed_args) node_information = embeddings #print node_information ``` ### 5、正负节点采样 ``` train, train_status, test, test_status = sample.sample_single(g, args.testRatio, max_train_num=args.maxTrainNum) ``` ### 6、抽取节点对的封闭子 ``` net = until.nxG_to_mat(g) #print net train_graphs, test_graphs, max_n_label = subgraphs.singleSubgraphs(net, train, train_status, test, test_status, args.hop, args.maxNodesPerHop, node_information) print('# train: %d, # test: %d' % (len(train_graphs), len(test_graphs))) ``` ### 7、加载网络模型,并在classifier中配置相关参数 ``` cmd_args = cmd_opt.parse_args() cmd_args.feat_dim = max_n_label + 1 cmd_args.attr_dim = node_information.shape[1] cmd_args.latent_dim = [int(x) for x in cmd_args.latent_dim.split('-')] if len(cmd_args.latent_dim) == 1: cmd_args.latent_dim = cmd_args.latent_dim[0] model = classifier.Classifier(cmd_args) optimizer = optim.Adam(model.parameters(), lr=args.learningRate) ``` ### 8、训练和测试 ``` train_idxes = list(range(len(train_graphs))) best_loss = None for epoch in range(args.num_epochs): random.shuffle(train_idxes) model.train() avg_loss = loop_dataset(train_graphs, model, train_idxes, cmd_args.batch_size, optimizer=optimizer) print('\033[92maverage training of epoch %d: loss %.5f acc %.5f auc %.5f\033[0m' % (epoch, avg_loss[0], avg_loss[1], avg_loss[2])) model.eval() test_loss = loop_dataset(test_graphs, model, list(range(len(test_graphs))), cmd_args.batch_size) print('\033[93maverage test of epoch %d: loss %.5f acc %.5f auc %.5f\033[0m' % (epoch, test_loss[0], test_loss[1], test_loss[2])) ``` ### 9、运行结果 ``` average test of epoch 0: loss 0.62392 acc 0.71462 auc 0.72314 loss: 0.51711 acc: 0.80000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 10.09batch/s] average training of epoch 1: loss 0.54414 acc 0.76895 auc 0.77751 loss: 0.37699 acc: 0.79167: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 34.07batch/s] average test of epoch 1: loss 0.51981 acc 0.78538 auc 0.79709 loss: 0.43700 acc: 0.84000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.64batch/s] average training of epoch 2: loss 0.49896 acc 0.79184 auc 0.82246 loss: 0.63594 acc: 0.66667: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 2: loss 0.48979 acc 0.79481 auc 0.83416 loss: 0.57502 acc: 0.76000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.70batch/s] average training of epoch 3: loss 0.50005 acc 0.77447 auc 0.79622 loss: 0.38903 acc: 0.75000: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 34.03batch/s] average test of epoch 3: loss 0.41463 acc 0.81132 auc 0.86523 loss: 0.54336 acc: 0.76000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.57batch/s] average training of epoch 4: loss 0.44815 acc 0.81711 auc 0.84530 loss: 0.44784 acc: 0.70833: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 4: loss 0.48319 acc 0.81368 auc 0.84454 loss: 0.36999 acc: 0.88000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 10.17batch/s] average training of epoch 5: loss 0.39647 acc 0.84184 auc 0.89236 loss: 0.15548 acc: 0.95833: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 5: loss 0.30881 acc 0.89623 auc 0.95132 ```
人工智能(AI)最近经历了复兴,在视觉,语言,控制和决策等关键领域取得了重大进展。 部分原因在于廉价数据和廉价计算资源,这些资源符合深度学习的自然优势。 然而,在不同的压力下发展的人类智能的许多定义特征仍然是当前方法无法实现的。 特别是,超越一个人的经验 - 从婴儿期开始人类智能的标志 - 仍然是现代人工智能的一项艰巨挑战。 以下是部分立场文件,部分审查和部分统一。我们认为组合概括必须是AI实现类似人类能力的首要任务,结构化表示和计算是实现这一目标的关键。就像生物学利用自然和培养合作一样,我们拒绝“手工工程”和“端到端”学习之间的错误选择,而是倡导一种从其互补优势中获益的方法。我们探索如何在深度学习架构中使用关系归纳偏差来促进对实体,关系和组成它们的规则的学习。我们为AI工具包提供了一个新的构建模块,具有强大的关系归纳偏差 - 形网络 - 它概括和扩展了在形上运行的神经网络的各种方法,并为操纵结构化知识和生成结构化行为提供了直接的界面。我们讨论网络如何支持关系推理和组合泛化,为更复杂,可解释和灵活的推理模式奠定基础。作为本文的配套文件,我们还发布了一个用于构建形网络的开源软件库,并演示了如何在实践中使用它们。
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