lammps常用的几种控温方式以及实现代码

大家好，我是小马老师。
在lammps模拟中，水的类型比较多，有TIP3P、SPC、TIP4P等类型。
不同的类型对应的水分子结构和力场参数均有所差别，在设置时需要注意区分。
本文主要介绍TIP4P水对应力场的设置。
TIP4P水在正常水分子的基础上增加了一个虚原子，具体属性可查阅lammps官方手册Howto页面介绍（https://docs.lammps.org/Howto_tip4p.html）
虚原子不是实体原子，因此在水分子建模中不需要建出虚原子，仅在pair势中设置即可。
TIP4P水对应的pair势有两种：lj/cut/tip4p/cut和lj/cut/tip4p/long。
这两种势对应的公式是一样的，由两部分组成：LJ势和库伦势。
LJ势对应公式为：

库仑势对应公式：

设置案例：

pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 12.0 10.0
pair_coeff 1 1 0.00706 3.16435	#O-O
pair_coeff 2 2 0.000  0	#H-H
pair_coeff 1 2 0.00199 0.40	#O-H

代码解释：
第一行中pair_style明确类型为lj/cut/tip4p/long。
1 2 1 1 表示：O原子类型 H原子类型 O-H键的类型 H-O-H角的类型，这几个类型与data文件中的类型相对应，保持一致。
0.15表示虚原子与水分子中O原子的距离
12.0表示LJ势中的截断半径（cutoff1）
10.0表示库伦力中的截断半径(cutoff2),该参数如果省略，则默认等于cutoff1。
TIP4P势在设置势需要注意以下几点：
（1）原子排列顺序
对于系统中的每个TIP4P水分子，O和2个H原子的原子ID必须是连续的，并且O原子在前，顺序为O H H。
例如，如果TIP4P水分子中一个O原子的原子ID为500，则另外2个H原子的ID必须为501和502。
（2）设置kspace_style
如果使用lj/cut/tip4p/long类型，需要添加以下命令：
kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4
使用lj/cut/tip4p/cut类型则不需要。
（3）固定键角
在模拟过程中需要固定水分子的键和角，可使用以下命令：
fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 1 a 1
在lammps模拟中，水分子力场设置相对复杂，在使用过程中一定要注意参数设置是否正确，否则可能影响计算结果。

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