kallisto(3) 定量

#!bin/bash
conda activate kallisto
mkdir out
index=/data/chenjn/kallisto/test/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.index
for i in $(ls *_1.fq.gz)
do
 R2=$(echo $i | sed 's/_1/_2/g')
 smaple=$(echo $(basename $i) | sed 's/_1.fq.gz//g')
 ~/miniconda3/envs/kallisto/bin/kallisto quant -i $index -o out/$smaple -t 8 -b 100 $i $R2
done
####第一次运行错了是因为把sample打成了smaple,后来索性直接把sample达成smaple了，然后就在out下面各自创建了sample名的子目录，因为abandunt目录是没有前缀名的，所以每个样本应该要分开