quanTIseq是一款基于反卷积算法的工具，用于分析肿瘤样本中的免疫细胞组成。它支持10种免疫细胞类型的预测，包括B细胞、巨噬细胞、CD8+ T细胞等。软件通过预处理、基因表达定量和细胞组分预测三个步骤，从bulk RNA_seq数据中获取信息。用户只需提供配置文件，软件将生成基因TPM表达量和细胞比例结果文件，便于研究肿瘤免疫微环境和寻找生物标志物。
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quanTIseq基于反卷积算法，利用bulk samples的RNA_seq数据，可以对肿瘤样本中不同种类免疫细胞的组成进行预测，支持以下10种类型的免疫细胞
B cells
Classically activated macrophages(M1)
Alternatively activated macrophage(M2)
Monocytes
Neutrophils
Natural Killer(NK) cells
Non-regulatory CD4+ T cells
CD8+ T cells
Regulatory CD4+ T(Treg) cells
Dendritic cells
该软件设计成pipeline的形式，直接输入样本对应的测序原始数据，进行预处理，定量，免疫细胞组分预测，数据分析流程示意如下
分成以下3个模块
预处理，使用Trimmomatic处理原始测序数据，去除adapter和低质量碱基
基因表达定量，使用kallisto软件进行定量，定量的方式为TPM
细胞组分预测，该软件的核心，利用反卷积算法预测样本中不同细胞的比例
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