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quanTIseq基于反卷积算法,利用bulk samples的RNA_seq数据,可以对肿瘤样本中不同种类免疫细胞的组成进行预测,支持以下10种类型的免疫细胞
B cells
Classically activated macrophages(M1)
Alternatively activated macrophage(M2)
Monocytes
Neutrophils
Natural Killer(NK) cells
Non-regulatory CD4+ T cells
CD8+ T cells
Regulatory CD4+ T(Treg) cells
Dendritic cells
该软件设计成pipeline的形式,直接输入样本对应的测序原始数据,进行预处理,定量,免疫细胞组分预测,数据分析流程示意如下
分成以下3个模块
预处理,使用Trimmomatic处理原始测序数据,去除adapter和低质量碱基
基因表达定量,使用kallisto软件进行定量,定量的方式为TPM
细胞组分预测,该软件的核心,利用反卷积算法预测样本中不同细胞的比例