Aspera史上最全安装方法 + 批量下载fastq数据

夏洛特六

已于 2024-07-21 14:25:51 修改

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文章标签：数据库 linux

于 2024-05-14 20:45:12 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/charlotte1516/article/details/138619334

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最近在windows系统里下载了虚拟机VirtualBox(6.1.34)，并在虚拟机上用Qiime2(2022.2)处理16sRNA数据，需要从NCBI数据库上下载数据。本文提供用虚拟机ubuntu或者linux系统下载Aspera的方法和问题解决，以及从NCBI上批量下载数据库、最后得到一个项目里的所有fastq文件。

Aspera下载数据巨快，100多条fastq文件几分钟就下载好了，比SRA Toolkit快很多

一、安装Aspera

1. 在虚拟机终端里，先新建一个文件夹：

mkdir ~/Aspera    #先建立一个放工具的文件夹
cd ~/Aspera   #进入该文件夹
wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/downloads/connect/latest/bin/ibm-aspera-connect_4.2.8.540_linux_x86_64.tar.gz  #从官网地址下载
tar xvf ibm-aspera-connect_4.2.8.540_linux_x86_64.tar.gz    #解压，注意版本号要对应
bash ibm-aspera-connect_4.2.8.540_linux_x86_64.sh # 解压后得到一个脚本文件，运行该脚本，即可完成自动安装

注意上面的链接是截止2024.5.9的最新下载Aspera的链接，可以去https://www.ibm.com/aspera/connect/查看最新版本（选择IBM Aspera Connect下面的Linux系统，复制链接，见下图），同时更改上面代码里的版本号即可。

安装完毕：
在这里插入图片描述

2. 添加环境变量：

echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc # 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下，在 ~/.bashrc添加环境变量  (cd /home/qiime2/.aspera/connect) 
source  ~/.bashrc  # 使环境变量生效
which ascp # 查看ascp可执行文件所在的路径，应该是：~/.aspera/connect/bin/ascp

在这里插入图片描述
用以下指令查看程序能否正常运行

ascp -h

说明能正常运行：在这里插入图片描述

如果出现’GLIBC_2.28’ not found的错误，参考本号内的上一篇文章《冒险升级ubuntu系统解决sk-learn和glibc版本低的问题》

二、导入密钥文件

安装完Aspera如果直接爬取数据，会出现找不到密钥文件的错误：Private key file not found at path /home/qiime2/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

IBM官网写的，Aspera 4.2版本之后需要用微软加的OpenSSH。所以我们要先下载OpenSSH再导入密钥文件。

我参考了很多文章，整合了很完整的导入密钥文件的做法，如下：

1. 下载OpenSSH：
打开电脑设置，搜索“可选功能”-管理可选功能
在这里插入图片描述点击上方添加功能，输入OpenSSH，添加OpenSSH服务器（一般电脑自带OpenSSH客户端）
待安装好后，按win+R输入命令services.msc，打开服务窗口双击这条，设置启动状态为为自动

2. 制作密钥文件
在windows系统里新建一个txt文档，输入以下key，再重命名为asperaweb_id_dsa.openssh，把该文件放到共享文件夹里：

把文件从共享文件夹移动到官方指定文件夹（套用代码注意更改共享文件夹名字sf_qiimeshare和用户名文件夹qiime2，其他部分都一样）：

mv  /media/sf_qiimeshare/asperaweb_id_dsa.openssh   /home/qiime2/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

查找一下密钥文件的位置（这个很重要，后面代码都会用到）：

find ~ -name asperaweb_id_dsa.openssh

可以的，很正确的：在这里插入图片描述

三、利用Aspera下载SRA数据(批量下载直接跳转至下一节)

参考了好几篇攻略，可用以下代码（以提取SRR1342456号码下的数据为例）：

对于双端序列，用下指令，注意修改_1和_2，代表两个序列（如果是单端序列则去掉_1）：

ascp  -v -Q -T -l 200m -P 33001 -k 1-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR134/006/SRR1342456/SRR1342456_1.fastq.gz  ./

还可以用下面这个代码，双端序列会生成一个文件夹里两个.fastq.gz如下图（单端序列则生成一个）

ascp  -v -Q -T -l 200m -P 33001 -k 1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR134/006/SRR1342456/   ./

在这里插入图片描述

上述代码需要修改的只有末尾数字部分（前面的200m最大可填500m，代表下载速度）
难点是006这个三位数，对于示例样本编号为SRR+7位数，三位数取00和样本号最后一位；对于样本编号为SRR+8位数，取0和样本编号最后两位；对于样本编号为SRR+6位数，则去掉这个三位数（SRR134/006/SRR134246 改为 SRR134/SRR134246）

对于.fastq.gz文件，使用以下代码解压缩，生成.fastq文件，即可进行后续分析

gzip -d SRR1342456_2.fastq.gz

以上方法适合数据少，单次下载。

四、Aspera批量下载SRA数据

Aspera下载fastq文件真的巨巨巨巨巨快，下载一百多条估计也只要几分钟，但中间会有数据下载失败的情况，解决方法都放在了本小节后面。

1. 批量导出Accession list
在网址NCBI网址上搜索项目号：
在这里插入图片描述
点击Accession list即可下载序列号：

2. 利用cat指令生成idname文件

在虚拟机终端输入：

cat idname  #点击回车后，把Accession list数据复制下来，再按ctrl+C保存文件

注意每行不能有空格，否则后续运行脚本可能会出错。

我选的这个项目里一共有16条序列号：在这里插入图片描述

3. 制作批量运行的脚本
输入以下代码，进行脚本编辑

vim Download.sh

在弹出来的框框里，复制粘贴以下内容，以下脚本能自动根据SRR号的位数下载对应数据。运行前注意修改密匙存放路径和自己的项目路径：

date
## 目录设置
mkdir -p  ~/Aspera/raw/fq/  #这个文件可以修改，是存放下载数据的地方
cd  ~/Aspera/raw/fq/
pwd

## 密匙路径
openssh=/home/qiime2/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

cat ~/Aspera/idname | while read id
do
num=`echo $id | wc -m `      #这里注意，wc -m 会把每行结尾$也算为一个字符
echo "SRRnum+1 is $num"  #因此SRRnum + 1才等于$num值
#如果样本编号为SRR+8位数 #
if [ $num -eq 12 ]
then
        echo "SRR + 8"
        x=$(echo $id | cut -b 1-6)
        y=$(echo $id | cut -b 10-11)
        echo "Downloading $id "
        ( ascp  -QT -l 500m -P33001  -k 1 -i $openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/$x/0$y/$id/   ./ & )
#如果样本编号为SRR+7位数 #
elif [ $num -eq 11 ]
then
        echo  "SRR + 7"
        x=$(echo $id | cut -b 1-6)
        y=$(echo $id | cut -b 10-10)
        echo "Downloading $id "
        ( ascp  -QT -l 500m -P33001  -k 1 -i $openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/$x/00$y/$id/   ./ & )
#如果样本编号为SRR+6位数 #
elif [ $num -eq 10 ]
then
        echo  "SRR + 6"
        x=$(echo $id |cut -b 1-6)
        echo "Downloading $id "
        ( ascp  -QT -l 500m -P33001 -k 1 -i  $openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/$x/$id/   ./ & )
fi
done

在末尾输入:w保存文件，再输入:q退出文件。

两种方法可运行上面这个脚本：

方法一（以下代码Ctrl+C和关闭终端都不会导致程序停止，log_Download是文件日志，会保存运行出错时的信息等等）：

nohup bash Download.sh >log_Download 2>&1 &

方法二（以下代码可以直接运行脚本，我喜欢用这个方法）：

sh Download.sh

可以使用以下代码查看程序运行进程：

ps -aux | grep "Download.sh"  #查看进程

在这里插入图片描述

一共16个文件，三四分钟就下载好了，存在了Aspera/raw/fq文件夹里。但是漏掉了4个文件，找出这4个文件。我自己是利用tree指令，比对的有点麻烦，大家可以了解一下：

sudo apt-get install tree #安装tree
tree /home/qiime2/Aspera/raw #查看文件夹结构

在这里插入图片描述

找出遗漏的文件，用cat指令重新输入几个文件的SRR号码，注意不要留多余空格：

cat >idname

重新运行程序（这个命令可直接运行程序）

sh Download.sh

在这里插入图片描述
中间出现了一次Error: Client unable to connect to server (check UDP port and firewall)，查了发现是本地服务器开启防火墙导致33001端口没有打开。
可以用以下指令打开：

sudo iptables -I INPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPT
sudo iptables -I OUTPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPT

在这里插入图片描述
注意上面指令要提前用cd退回初始文件夹，运行完后再进入Aspera文件夹，运行之前的脚本sh Download.sh继续下载文件。

【注意：如果需要下载很多条数据，真的要好好检查、反复操作好几遍！！】

最后文件夹里终于有16个完整的项目了：
在这里插入图片描述

4. 批量操作文件夹（批量移动、解压缩）
现在得到的是如图fq文件夹里有16个文件夹，每个文件夹里有两个.fastq.gz文件：
在这里插入图片描述

将fq文件夹下的所有.fastq.gz文件都移动到/home/qiime2/Aspera/raw文件里：

find /home/qiime2/Aspera/raw/fq/ -name "*.fastq.gz" | xargs -i cp {} /home/qiime2/Aspera/raw/

最后得到raw文件夹下16×2=32个fastq.gz文件：
在这里插入图片描述
进入raw文件夹并解压缩所有fastq.gz文件：

cd ~/Aspera/raw
ls *.fastq.gz | xargs -n1 gzip -d   #批量解压缩所有文件

在这里插入图片描述
最后得到是在一个文件夹里的32个fastq文件（双端的）。

夏洛特六

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在Ubuntu上安装Aspera，并从NCBI数据库上批量下载fastq数据
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