BLAST（2004版）本地化安装与使用，生成PSSM打分矩阵

最新推荐文章于 2024-07-18 18:56:23 发布

CS搬运工

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分类专栏：生物信息学文章标签：生物信息学

本文链接：https://blog.csdn.net/u013313168/article/details/50449120

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本文档介绍了如何在2004年的BLAST 2.2.9版本中进行本地安装，并详细说明了如何使用`blastpgp`或更高版本的`blastp`命令来生成PSSM打分矩阵。在2.3.0+版本中，需要通过添加`-help`参数来获取帮助信息。内容参照了Windows系统下的blast+安装与使用教程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一、软件安装
1、软件下载：该软件目前已更新到2.3.0+（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.3.0/），我使用的是师姐给的2004年2.2.9版（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/2.2.9/）大家可以根据自己的需求来下载。两个软件在Dos环境下的命令还是不一样的，我个人感觉2004版的更方便一点。
2、软件安装：新建Blast文件夹，把blast-2.2.9-ia32-win32拷贝到该文件夹。运行blast-2.2.9-ia32-win32可产生data文件和其他文件，新建bin和db两个文件夹把之前产生的文件都放在bin中，db文件夹用来存放蛋白质或其他数据库文件。最后把Blast文件夹放在C盘根目录下。
3、环境变量设置：右键“我的电脑”-属性，然后“高级系统设置”选项-“环境变量”。在用户变量下方点击“新建”-变量名：BLASTDB，变量值：C:\Blast\db(即数据库路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值：C:\Blast\bin。
4、Blast软件运行。Blast是在Dos环境下运行的，快捷键Win+R打开cmd进入Dos环境，输入“blastn -version”显示Blast版本信息即可。
二、Blast本地数据库构建
1、下载数据库：在NCBI下载你所需要用的数据库，或者在Swiss-prot（ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/swissprot/）数据库下载FASTA格式的数据，最后把数据放在db文件中。