让你轻松搞定在线blast

注：下面在root管理员账户下完成，普通用户无法操作。

安装bioconda

1下载bioconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2安装

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

source ~/.bashrc

3添加软件源

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

#安装mamba

conda install -y mamba

配置sequenceserver

在线blast的应用有很多，wwwblast、viroBLAST，这里我们选择sequenceserver，http://www.sequenceserver.com。

#1 安装podman

yum install -y podman

这个工具你理解为docker
#2 安装sequenceserver

podman pull  docker.io/wurmlab/sequenceserver

其实和docker pull差不多
#3 打开端口

firewall-cmd --add-port=4567/tcp --zone=public --permanent

firewall-cmd --reload

防火墙没打开的忽略这个步骤
#4 安装blast

mamba install -y blast

#5 建库

mkdir /opt/database

#这里面拿一个数据作为测试ncov.fasta，可以放多个数据库

makeblastdb -in ncov.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out /opt/database/ncov.fasta

#6 运行sequenceserver

podman run -d -p 4567:4567 --restart=always -v /opt/database:/db  docker.io/wurmlab/sequenceserver

查看运行的容器

podman ps 

最后浏览器上通过http://x.x.x.x:4567访问即可