210928-Matlab和SimpleITK保存和读取nii格式及其差异

引文： nii格式是医学图像常用格式，类似mhd，可以显示三维信息。以前使用.npy格式，主要是无法直接查看，因此考虑了解nii格式。

1、Matlab添加工具箱NIfTI的方法
（Linux下savepath会报错:Unable to save path to file ‘/usr/local/MATLAB/R2016b/toolbox/local/pathdef.m’，权限问题，可以
sudo chmod 666 /usr/local/MATLAB/R2016b/toolbox/local/pathdef.m)
python下SimleITK(简写为sitk)也可以保存nii。
sitk读取matlab和sitk保存的nii没有差异。
matlab读取matlab和sitk保存的nii有差异。差异来源于nii中头文件差异，具体也不清楚。
具体应打开图像后再自行检查。

# read by sitk
sitk.ReadImage(ct_path, sitk.sitkInt16)
ct_image = sitk.ReadImage(ct_path, sitk.sitkInt16)
ct_array = sitk.GetArrayFromImage(ct_image)
# write by sitk
ct_sitk = sitk.GetImageFromArray(ct_array)
sitk.WriteImage(ct_sitk, ct_path)

% write by matlab
imgs_nii=make_nii(permute(imgs,[2,1,3]));  % nii into matlab, maybe caused by Column-major in matlab
save_nii(imgs_nii, 'imgs.nii');
% read by matlab
imgs_nii = load_nii('imgs.nii');
imgs = imgs_nii.img;
imgs = fliplr(rot90(imgsa));  % read nii from sitk
imgs = permute(imgsa, [2,1,3]);  % read nii from matlab

2、nii保存数据类型较多，常用(u)int8(16,32)，float32(4)，所以保存CT图像时可用int16或float32(文件会大一倍)，保存CT分割轮廓可用int8，由于轮廓大部分是0元素，可以采用.nii.gz格式，极大减少文件大小，只需在保存时将.nii换为.nii.gz即可。CT可以不换，会降低读取速度，可自行考虑。