蛋白质致病突变的计算方法(六)

5. 致病热点残基鉴定

致病热点残基是蛋白质中特定的氨基酸位置，在突变时可导致疾病的发生。识别这些热点残基是了解疾病进展机制和开发潜在治疗策略的重要一步。Takeuchi 等人在BRCA1和BRCA2基因中发现了热点残基，它们与乳腺癌风险增加有关。Chang等人在41种癌症类型中确定了470个体细胞突变热点，这些突变热点似乎会影响各自蛋白质的分子功能。其他用于热点残基的重要数据库和服务器包括HotMAPS、HotSpoAnnotations 、HotSpot3D 、Mutation3D ，它们用于识别癌症中的突变簇。

5.1 肺癌中的热点残留物

肺癌包括（comprises）两种主要类型，如肺鳞状癌(LUSC)和肺腺癌(LUAD)。Pandey & Gromiha系统地分析了195种蛋白质中的4172个疾病易感位点，并与4137个中性位点的突变频率进行了比较。他们发现，Glu、Gly、Gln、Asp和Trp在易患病部位更受青睐，而中性部位富含Ile、Lys、Val、Asn和Phe。

Qin 等人对BRAF进行突变扫描实验，发现BRAF活性位点的F468、D594、F595和V600对信号转导至关重要。Kotoula等人鉴定T598和S601为BRAF蛋白磷酸化的重要位点。此外，TP53 DNA结合域的R244、G245、R248、R249、R273和R282位点的突变会影响TP53的结构和功能，并与癌症有关。Liang等在EGFR、BRCA2中的W993、F890、Y2624、TP53中的G154、I254、V218以及FAT4中的K2930、R1585、S3427、S3112、P1662中确定了T790、L858为必需位点。

5.2 突变热点的分子信号

Verkhivker结合分子模拟、基于动力学的网络建模和能量分析，确定了肿瘤抑制蛋白（suppressor protein）如TP53、PTEN和SMAD4中的突变热点残基。突变热点被发现位于残基相互作用网络的高度中央调节中心。这些热点在协调全局动态变化和变构信号方面起着至关重要的作用。

5.3 热点残基预测

Pandey和Gromiha开发了一种方法，可以利用热点、残基对和motif上的首选残基来识别肺癌相关蛋白中的热点残基，并将它们与中性位点进行比较。Cukuroglu等人开发了一个数据库HotRegion (http://prism.ccbb.ku.edu.tr/hotregion)，该数据库利用蛋白质单体和复合物的结构属性(如可及表面积(ASA)、相对ASA值和界面残基)包含预测的热点残基，从而为界面提供热点残基簇。Sumbalova等人开发了HotSpot Wizard，这是一个基于web的应用程序，用于从蛋白质结构中检测热点。这个服务器可以通过http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard访问。预测的热点对于增强催化活性、蛋白质稳定性和底物特异性至关重要。(网址都可用）