超级牛逼R包登场，compareGroups包轻松制作出SCI论文表一、表二、表三（1）

本来不想再写这个教程了，因为前面已经写过很多了，也说过R包TableOne。但是这个R包真是太牛了，可以很轻松的制作出SCI论文表一（基线资料表）和表二（单因素分析表），也能轻松做出sci论文中多个模型比较的表三（多因素分析表），还可以做出线性趋势（P for trend），可以毫不夸张的说，使用好这个R包，你可以写一篇简单的SCI论文了，下面的表格都可以通过compareGroups包轻松制作出来。



这种表也是可以做出来的，也不难



好的。废话不多说，马上开工。
我们除了需要compareGroups包外还需要导入一个glue包，不然就会报错。
我们还是使用既往的乳腺癌数据，先导入R包和查看数据

library(foreign)
library(compareGroups)
library(glue)
bc <- read.spss("E:/r/test/Breast cancer survival agec.sav",
                use.value.labels=F, to.data.frame=T)
bc <- na.omit(bc)
head(bc)

把分类变量转换成因子

####转换为因子
bc$age1 <- factor(bc$age1)
bc$lnpos <- factor(bc$lnpos)
bc$histgrad <- factor(bc$histgrad)
bc$er<- factor(bc$er)
bc$pr <- factor(bc$pr)
bc$status<- factor(bc$status)
bc$pathscat<- factor(bc$pathscat)
bc$ln_yesno<- factor(bc$ln_yesno)

先看总体人群变量分布

descrTable( ~ ., data = bc)

按病例组织学分组，用histgrad表示

descrTable( histgrad~ ., data = bc)####.符号代表包括其他的变量

好像还不错把，继续。假如不想要agec这个变量

descrTable( histgrad~age+pathsize+er+status+pathscat+ln_yesno+ time, data = bc)

假如某个变量如：pathsize是非正态分布的，可以进行指定

descrTable( histgrad~age+pathsize+er+status+pathscat+ln_yesno+ time, data = bc,method = c
            (pathsize=2))##用中位数表示

也可以自动检验是否正态分布

descrTable( histgrad~age+pathsize+er+status+pathscat+ln_yesno+ time, 
            data = bc,method = c(pathsize=NA))##自动检验是否正态分布

分组为二分类变量时可以比较重要的OR或HR值，现在以是否淋巴结肿大分组

descrTable( ln_yesno~age+pathsize+er+status+pathscat+histgrad+ time, 
            data = bc, ref= 1,show.ratio=T)##参考水平为1

也可以更改某组的参考水平

descrTable( ln_yesno~age+pathsize+er+status+pathscat+histgrad+ time, 
            data = bc, ref= c(pathscat=2),show.ratio=T)##更改参考水平为

更改连续变量每个P-SD，加入我想看年龄每增加10岁的改变

descrTable( ln_yesno~age+pathsize+er+status+pathscat+histgrad+ time, 
            data = bc, ref= 1,show.ratio=T,fact.ratio = 10)##参考水平为1,更改连续变量每个P-SD

调整小数点显示位数

descrTable( ln_yesno~age+pathsize+er+status+pathscat+histgrad+ time, 
            data = bc, ref= 1,show.ratio=T,digits = 3)##参考水平为1,调整小数点显示位数

最后再来个大招加入分层变量

tab<-descrTable( ln_yesno~age+pathsize+status+pathscat+histgrad+ time, 
            data = bc)
be<-strataTable(tab, "er")
be

导出数据

export2csv(tab,file = "tab.csv")
export2word(tab, file='table1.docx')

如图

稍微修改一下就可以发表了
参考文献：

1. compareGroups包说明手册
2. https://mp.weixin.qq.com/s/WDr9mwsv8–NPLEBjtRiZA
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