WGCNA 分析

最新推荐文章于 2023-10-29 19:45:53 发布
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dengximo9047
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WGCNA分析
hgz2020的博客
04-15 556
WGCNA
Canales_eLIFE_2021_WGCNA_GO:WGCNA和基因本体分析
03-16
Canales_eLIFE_2021_WGCNA_GO WGCNA和基因本体分析
FiberNetwork:使用 Fiber RNA seq 数据进行 WGCNA 分析
07-04
光纤网络 使用 Fiber RNA seq 数据进行 WGCNA 分析。 #目的 这组脚本接收 RNA seq 表达数据并从数据构建共表达网络。 使用这些脚本时，您需要修改几行才能使您的自定义代码起作用。 因此，这更多的是用于生成与该项目相关联的数据的过程和代码的记录，这些脚本集旨在作为您自己分析的起点，而不是分发就绪的脚本集。 每个脚本的简要细节可以在文件描述中提供，但值得一提的是这些操作的逻辑顺序： #包括脚本和简要说明。 [1] Fiber_Norm_RPM.R 将接收原始计数数据并输出标准化库以及库大小。 [2] WGCNA_construct.R 将修剪基因集。 生成 co-expression 对象并放入一个目录中（您可以通过修改脚本来指定它。） [3] WGCNA_analysis.R 将执行一些更高级别的分析，以可视化共表达网络之间的异同。 [4]constr
WGCNA：概念初探
weixin_59289660的博客
07-31 4309
基本分析流程简介即加权基因共表达网络分析，可将表达模式相似的基因进行聚类（共表达基因），并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系。WGCNA促进了基于网络的基因筛选方法，可用于识别候选生物标志物或治疗靶标，等方面的研究中被广泛应用。在RNA-seq数据中的应用相关术语补充1、应用WGCNA分析的数据应当2、WGCNA分析对计算机的要求较高，4G内存电脑可处理8000-10000个基因数量，16G内存电脑可以处理2万个，32G内存电脑可以处理3万个3、如果表型为。.......................
WGCNA加权基因共表达网络分析（1）简介、原理
热门推荐
qq_44520665的博客
01-31 2万+
WGCNA简介 WGCNA（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, 加权基因共表达网络分析），鉴定表达模式相似的基因集合（module）,解析基因集合与样品表型之间的联系，绘制基因集合之间的调控网络并鉴定关键调控基因 WGCNA适用于复杂的转录组数据（样本数目较多） 研究不同器官/组织类型和不同阶段的发育调控、生物和非生物胁迫的不同时间响应机制 WGCNA原理 原理概要 1.构建基因共表达网络：先构建基因共表达网络，通常利用两两基因之间的表达模式来计算
WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码二
BioinfoDu
02-26 2687
关于WGNCA的教程，教程二。 全部代码直接分享
知识分享| 转录组个性化分析(6）——WGCNA
bioyigene的博客
03-13 2467
近年来，很多SCI高分文章中都使用了WGCNA，那么WGCNA是什么，它可以应用于哪些研究方向，又如何进行WGCNA分析，其分析结果如何看？现在就带着这些问题，跟着小易一起学习探讨吧！
WGCNA（加权基因共表达网络分析）
wangprince2017
02-20 1万+
WGCNA（加权基因共表达网络分析） 序章 这个工具现在很火，高分文章用到很多。 加权基因共表达网络分析(WGCNA，Weighted gene co-expression network analysis) WGCNA能够从复杂数据中（N多分组）快速地提取出与样本特征相关的基因共表达模块，以供后续分析。简单地说，它通过计算基因之间的表达相关性，将具有表达相关性的基因聚类到一个模块中，然后再分析模块与样本特征（包括临床特征、手术方式、治疗方法等等）之间的相关性，WGCNA搭建了一座样本特征与基因表达
WGCNA分析基本教程总结
weixin_57699783的博客
07-01 1504
可用于发现高度相关基因的簇（模块），使用模块特征基因或模块内枢纽基因总结此类簇，将模块与外部样本性状相互关联（使用特征基因网络方法），来度量模块成员分布，进而用于识别候选生物标记物或治疗靶点。...
WGCNA_1.67.zip
06-02
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WGCNA_Rscript.txt
05-05
WGCNA（加权基因共表达网络分析）R语言代码脚本
FemaleLiver-Data_WGCNA_
09-29
利用该文档可以直接对WGCNA官方网站的教程数据进行分析，非常的方便快捷。
WGCNA
最新发布
勇敢的人先享受世界
10-29 377
基因共表达网络分析：WGCNA能够识别基因间的共表达模式，并把相似的基因聚类在一起，形成基因共表达模块，通过分析这些模块，可以发现在不同生物学过程中具有相似表达模式的基因集合，进而揭示生物学的本质和功能。差异表达基因分析：WGCNA可以将不同基因表达谱之间的相似性转化为基因共表达模块，从而识别与性状或疾病相关的模块和差异表达的基因，进一步理解不同基因之间的相互作用及其在疾病发生、进展、诊断和治疗中的作用。函数来可视化与性状相关的模块，将模块与性状之间的相关性系数、P值和基因数显示在一个图中。
GEO生信数据挖掘（九）WGCNA分析
zzh1464501547的博客
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本例发现右侧有些样本孤立，适合被剔除，设置红线87切割。左侧也被切成两块，需要做处理，保留。#clust#0 1 2#5 57 40#保存数据。
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BioinfoDu
02-26 5278
WGCNA数据分析，全部代码直接分享！！
WGCNA分析，简单全面的最新教程（可以在线做了）
悟道西方
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用R语言做WGCNA分析全步骤一（附代码解读）【转载】
qq_43138237的博客
04-09 1万+
代码逐句分析一、文章来源二、基因共表达网络构建及模块识别1.数据导入、清洗及预处理2.检查过度缺失值和离群样本3.聚类做离群样本检测4.载入临床特征数据三、自动构建网络及识别模块1.确定合适的软阈值：网络拓扑分析2.一步构建网络和识别模块 一、文章来源 初学WGCNA，觉得博主的代码写的很不错，但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解，后查阅了很多资料，终于看明白了，于是写了一篇笔记，记录自己的学习心得，有不准确的地方，还望各位大佬们不吝赐教~ 原文链接：WGCNA简明指南 二、基因共表达网络构建及模
python wgcna
08-28
WGCNA (Weighted Gene Co-expression Network Analysis) 是一种基于基因共表达网络的数据分析方法，旨在揭示基因之间的关系以及它们与样本性状之间的关联。Python是一种流行的编程语言，可以用于实现WGCNA。 Python中有许多库可以用来进行WGCNA分析，如scipy、networkx和numpy等。首先，我们需要根据基因表达数据构建基因共表达网络。可以使用scipy库中的函数计算基因之间的相关性，然后根据相关性构建共表达网络。接下来，可以使用networkx库对网络进行分析，例如计算基因的度中心性和介数中心性等指标。这些指标可以帮助我们了解网络中的重要基因。 在WGCNA中，为了实现模块化，通常会将相似的基因分组到同一个模块中。在Python中，可以使用numpy库中的函数执行这个步骤。首先，通过hierarchical clustering算法对基因进行聚类分析，然后使用动态切割算法将聚类结果划分为不同的模块。这些模块可以表示不同的生物学功能模块。 最后，可以使用WGCNA分析来探索基因模块与样本性状之间的关联。可以使用scipy库中的统计函数计算基因模块与样本性状之间的相关性，并进行统计学显著性检验。这可以帮助我们找到与样本性状相关的基因模块，并了解这些基因模块在样本分类和特征选择中的重要性。 总之，Python是一种强大的工具，可以用于实现WGCNA分析。通过使用Python中的一些库和函数，我们可以构建基因共表达网络，进行模块化分析，并揭示基因模块与样本性状之间的关联。这有助于我们在基因表达数据中发现重要的生物学信息。

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