关于基因组注释文件GTF的解释

　　GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢，其实所谓的基因名，基因座等，都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已，还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体（DNA序列）。而这个GTF文件的主要功能，就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置（coordinate），并且还标注了这一段区间的其他信息。

　　GTF文件我一般喜欢去ensembl下载，gencode也可以。 这里给出链接：

　　ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/gtf/homo_sapiens/

　　http://www.gencodegenes.org/releases/current.html　

　　

　　关于这个文件的解释，这里参考ensembl 给出的官方说明： http://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html

　

GFF/GTF File Format - Definition and supported options

The GFF (General Feature Format) format consists of one line per feature, each containing 9 columns of data, plus optional track definition lines. The following documentation is based on the Version 2 specifications.

The GTF (General Transfer Format) is identical to GFF version 2.

• Fields
• Track lines
• More information

Fields

Fields must be tab-separated. Also, all but the final field in each feature line must contain a value; "empty" columns should be denoted with a '.'

1. seqn