使用NCBI数据库查询并使用BLAST比对新冠病毒及九种变种的核酸序列

一、实验目的

1. 学会使用NCBI这一常见生物数据库
2. 学会使用比对分析工具BLAST分析核酸或氨基酸序列。

二、实验内容

登录NCBI生物信息站点，查找新冠病毒（COVID-19）和其他几个变种的核酸序列，并利用多序列比对工具（ClustalX）观察说明比对结果；也可以先检索到COVID-19的核酸或氨基酸序列，利用FASTA序列比对数据库搜索工具，检索出其他几种变种的序列，即相似度高的序列，然后进行多序列比对。

三、实验步骤

1，新冠原始病株
首先从NCBI数据库中查询新冠病毒原始病株，查询可知，目前使用的新冠病毒参考序列为NC_045512.2，该序列为2020年1月18日第一株公布出来的新型冠状病毒序列。样品来自武汉采集样本，原始 GenBank accession number 为MN908947，refseq 库 accession number 为 NC_045512.2，长度 29903bp，原始数据为SRR10971381。
参考序列网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512
2，不同地区代表株
由于目前新冠病毒已发表出来的基因组超过 200 多万个样本，其中 NCBI 可以下载的超过78 万，无法对全部数据进行比对分析，并且其中很多序列差别很小，这里我们只随机挑选一些典