R读取.h5ad文件并建立seurat对象分析（day3）

# 设置工作目录
setwd('D:/')

# 导入所需的包和库
library(anndata)
library(reticulate)
use_condaenv(condaenv = "C:/python/envs/py39-bio", required = TRUE)
ad <- import("anndata")

# 读取数据集
final_ad <- ad$read_h5ad("xxxxxx.h5ad")

# 设置变量名
colnames(final_ad$X) <- final_ad$var$features

# 创建 Seurat 对象
seurat_obj <- Seurat::CreateSeuratObject(counts = final_ad$X, assay = "RNA",
                                         meta.data = final_ad$obs,
                                         min.cells = 3, min.features = 200)

注意：首先调用的Python一定得安装anndata,scanpy等库，然后再调用,一定要注意自己安装的python目录