BWA使用

最新推荐文章于 2024-08-08 07:05:52 发布
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分类专栏： 生信软件
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本文链接：https://blog.csdn.net/doris_xixi/article/details/80842353
版权
本文详细介绍了BWA的下载、安装过程，包括BWA和Samtool的获取与编译。此外，还阐述了BWA的使用方法，特别是BWA-MEM算法，它利用MEM进行种子匹配并采用SW算法进行延伸，适用于局部比对和剪接性分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

全称：Burrows-Wheeler Aligner

参考：

https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html

http://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/

官方文档：

http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315-1.html
http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml

1.下载与安装

下载BWA (download from BWA Source Forge ) bwa-0.5.7.tar.bz2 安装BWA

# tar -jxvf bwa-0.5.7.tar.bz2

编译BWA

# make

Samtool安装

下载Samtool (download from Samtool Source Forge )

安装Samtool

# tar -jxvf samtools-*.tar.bz2
# make

2.使用

bwa的使用需要两中输入文件：
    Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna）
    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)

st

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