RDKit|骨架分解与侧链分离

一、骨架分解

1.Murcko Scaffold

Murcko骨架由Murcko等人设计并用药物的形状、结构分析。他们将药物分子拆解成四种单元：环系结构（ring system）、接头（linker）、骨架（scaffold）、侧链（side chain），其中scaffold又由ring system和linker组成；scaffold和side chain又组成了药物分子。这么分解可以提供以下几点好处：

1. Scaffold可以为药物的整体设计提供参考
2. Ring system和linker可以为药化提供合成单元
3. 可以通过形状的分析，评价分子库的类药程度

Rdkit中也提供了一些用于骨架和侧链分析的工具

• 获取Murcko骨架：GetScaffoldForMol()

>>> from rdkit import Chem
>>> from rdkit.Chem import Draw
>>> from rdkit.Chem.Scaffolds import MurckoScaffold
>>> m = Chem.MolFromSmiles('O=C(NCc1cc(OC)c(O)cc1)Cc1cocc1CC')
>>> core = MurckoScaffold.GetScaffoldForMol(m)
>>> m_core = [m, core]
>>> Draw.MolsToGridImage(m_core, subImgSize=(250, 250))

• 直接获取smiles的murcko骨架，并输出smiles：MurckoScaffoldSmilesFromSmiles(smiles, mol, includeChirality)
• 同MurckoScaffoldSmiles()

>>> MurckoScaffold.MurckoScaffoldSmilesFromSmiles('O=C(NCc1cc(OC)c(O)cc1)Cc1cocc1CC')
'O=C(Cc1ccoc1)NCc1ccccc1'

2.Generic Framework

将分子以图的形式表示，对结构进行抽象，即所有的原子作为顶点，所有的键作为边，主要反映了原子间的连接属性。

• 产生generic骨架：MakeScaffoldGeneric()
  所有重原子都以碳来代替，所有的键都以单键代替

>>> gen_mcore = map(MurckoScaffold.MakeScaffoldGeneric, m_core)
>>> Draw.MolsToGridImage(list(gen_mcore), subImgSize