RDKit|分子子结构的删除、替换与切割

分子子结构操作

RDKit包含了一些修改分子的函数，这些函数可以方便地对分子进行子结构删除/替换等操作。更复杂的操作可以看Chemical Reactions中相关的功能。

1.删除子结构

• 先初始化一下
  定义一个苯丙氨酸分子，要把苯甲基删掉，变成甘氨酸

>>> from rdkit import Chem
>>> from rdkit.Chem import AllChem, Draw
>>> m = Chem.MolFromSmiles('OC(=O)C(N)Cc1ccccc1')
>>> m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1CC(N)C(=O)O')
>>> patt = Chem.MolFromSmarts('Cc1ccccc1')

• 查看patt是否在m中：GetSubstructMatches()
  返回值是原分子中与子结构匹配的原子索引

>>> matches = m.GetSubstructMatches(patt)
>>> matches
((6, 5, 4, 3, 2, 1, 0),)

• 查看分子及高亮显示子结构

>>> Draw.MolToImage(m, (250,250), highlightAtoms=matches[0])

• 删除子结构：De