RDKit|分子子结构的删除、替换与切割

最新推荐文章于 2023-07-17 16:11:18 发布

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分类专栏： rdkit 文章标签： python

本文链接：https://blog.csdn.net/dreadlesss/article/details/105826379

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本文介绍了使用RDKit在Python中对分子进行子结构删除、替换和切割的操作，包括删除子结构、替换子结构、切掉侧链、切掉母核以及其他分子切分方法，如BRICS和Recap算法。详细阐述了相关函数的使用和示例。

摘要由CSDN通过智能技术生成

文章目录

分子子结构操作

分子子结构操作

RDKit包含了一些修改分子的函数，这些函数可以方便地对分子进行子结构删除/替换等操作。更复杂的操作可以看Chemical Reactions中相关的功能。

1.删除子结构

先初始化一下
定义一个苯丙氨酸分子，要把苯甲基删掉，变成甘氨酸

>>> from rdkit import Chem
>>> from rdkit.Chem import AllChem, Draw
>>> m = Chem.MolFromSmiles('OC(=O)C(N)Cc1ccccc1')
>>> m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1CC(N)C(=O)O')
>>> patt = Chem.MolFromSmarts('Cc1ccccc1')

查看patt是否在m中：GetSubstructMatches()
返回值是原分子中与子结构匹配的原子索引

>>> matches = m.GetSubstructMatches(patt)
>>> matches
((6, 5, 4, 3, 2, 1, 0),)

查看分子及高亮显示子结构

>>> Draw.MolToImage(m, (250,250), highlightAtoms=matches[0])

删除子结构：DeleteSubstructs(mol, query, onlyFrags, useChirality)
mol: 要操作的mol对象
query: 要操作的子结构
onlyFrags: 默认False，

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