求助！使用monocle2 创建newCellDataSet时，报错feature numbers differ between assayData and featureData

dreamerhhh

已于 2023-05-21 12:08:02 修改

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于 2023-05-21 11:54:50 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/dreamerhhh/article/details/130790353

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在运行此代码时报错，请问如何解决？感谢！

expr_matrix <- as(as.matrix(seurat_object_cluster@assays$RNA@counts), 'sparseMatrix')
f_data <- data.frame(gene_short_name = row.names(seurat_object_cluster),row.names = row.names(seurat_object_cluster))
pd <- new('AnnotatedDataFrame', data =seurat_object_cluster@meta.data) 
fd <- new('AnnotatedDataFrame', data = f_data)
#将p_data和f_data从data.frame转换AnnotatedDataFrame对象。
cds <- newCellDataSet(expr_matrix,
                      phenoData = pd,
                      featureData = fd,
                      lowerDetectionLimit = 0.5,
                      expressionFamily = negbinomial.size())

我发现在seurat_object_cluster中的counts是33231 x 45183，而f_data提取出来的是2000，是否是这里出现的问题，求教如何解决？