Error in newCellDataSet(data.matrix(mat_to_cluster), phenoData = pd, featureData = fd, :

在调用monocle的一个函数时出错了，我在函数里面没有找到alist(assayData = pd,

我去官网查了newCellDataSet：创建一个新的 CellDateSet 对象

newCellDataSet(cellData, phenoData = NULL, featureData = NULL,
  lowerDetectionLimit = 0.1, expressionFamily = VGAM::tobit(Lower =
  log10(lowerDetectionLimit), lmu = "identitylink"))

cellData	实验的表达式数据矩阵
phenoData	包含单个单元格属性的数据框
featureData	包含特征属性（例如基因）的数据框
lowerDetectionLimit	构成真实表达的最低表达水平
expressionFamily	用于表达式响应变量的 VGAM 系列函数

我检查了一下代码，没有发现用法的问题

 HSMM_clustering <- newCellDataSet(data.matrix(mat_to_cluster), phenoData = pd, featureData = fd, 
                                    expressionFamily = negbinomial.size(),
                                    lowerDetectionLimit = 0.1
                                    )

然后我尝试了加载monocle3这个包，发现也不行

因为monocle3没有这个函数，我又用这个函数new_cell_data_set {monocle3}重新写了一个，发现也不能解决问题

所以又改回原来的方法了，这时又出现新的错误了

我想到monocle3还在加载，所以把monocle3这个包detach，重新加载函数（单独加载这个函数多次），然后运行成功了。

总结：到现在我也不知道具体原因是什么，只能按照报错一步步想办法解决，多尝试。