如何从下载 UCSC 的 blat 等工具

毒鸡蛋

于 2021-07-13 17:15:58 发布

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如何从下载 UCSC 的 blat

UCSC中的工具

http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/.

blat下载方式

#For linux
rsync -a rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/blat/ ./
#For MacOS
rsync -a rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/macOSX.x86_64/blat/ ./

chmod +x gfServer gfClient blat

blat 问题

FAQs：http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html#blat9.
Documentation: http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/blat/.

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2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）

11-25

1164

5.5 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA 需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可以得到全局比对工具LAGAN灵敏度最高，局部比对工具（如BLAST

生物信息百Jia软件（八）：blat

xxxie_的博客

08-04

1425

点评 blat也是学习生物信息需要掌握的一款工具。blat与blast其实是不同的，虽然都是局部比对工具，但是blat实现了“多对一”的比对，也就是能将不同的外显子定位到同一个基因上。我喜欢blat可以输出多种比对格式结果的模式，默认是psl，但其实可以输出blast同样格式的结果，还有比较容易阅读的axt格式结果。需要注意的是，blat的其实比对坐标与blast不同。一、功能分类：局部比对 ...

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blat文件包

06-20

blat

linux 下安装blat软件

悠悠的博客

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5252

linux 下安装blat软件 blat是一款很经典的比对工具，与blast相比，具有速度快、共线性输出比对结果等优点。但是，blat源码包里面的README文件写得很不清楚，这里，我来提供一份详细的安装文档。 0、下载地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/ 1、解压 blastSrc.zip文件夹，并进入blastSrc；

BLAT 安装

no_giveup的博客

05-25

2113

Download & Unzipwget https://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc.zip unzip blatSrc.zip Installcd blatSrc uname -m MACHTYPE=x86_64 export MACHTYPE mkdir ~/bin/x86_64 makemkdir bin cp /share/home/baishe

UCSC 工具链接

diedie4488的博客

11-05

596

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 转载于:https://www.cnblogs.com/Demo1589/p/9911569.html

blat324_64.full.zip

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blat324_64.full.zip windows64位版

ucsc数据库详解实用.pdf

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UCSC 数据库详解实用 UCSC 数据库是用于存储和分析基因组数据的综合平台，提供了可靠和快速的方式来浏览基因组...通过 Genome Browser、Blat 和 Table Browser 等工具，用户可以快速和可靠地浏览和分析基因组数据。

ucsc exercises

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**目标**：获得大鼠瘦素蛋白序列，使用BLAT工具在人类基因组中查找其同源物；检测该基因编码区域内的SNP，并标出人类DNA序列中的SNP。 - **技能要求**： - 获取蛋白质序列 - 使用BLAT进行序列比对 - 在外显子中...

ucsc数据库详解.pdf

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UCSC Genome Browser 是一个功能强大的基因组数据浏览和分析工具，提供了可靠和迅速的方式来浏览基因组数据。 UCSC 数据库是通过来自公开的序列数据计算得出，另外也来自世界各地的科学工作者。 UCSC Genome ...

windows下命令行发邮件工具 blat3.26

09-11

windows下命令行发邮件工具 blat_3.26 带文档

docker-ucsc-blat:具有HG19和HG38参考基因组的UCSC BLAT服务器的Dockerfile

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用于UCSC BLAT服务器的Docker容器，带有参考基因组，人类hg19，hg38和鼠标mm10 正在运行的容器 $ sudo docker run -it -p 55519:55519 misshie/ucsc-blat-hg19 $ sudo docker run -it -p 55538:55538 misshie/ucsc-blat-hg38 $ sudo docker run -it -p 55510:55510 misshie/ucsc-blat-mm10 请注意，需要花费几个分钟的服务器来准备k-mer索引。询问您必须在本地安装gfServer $ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/blat/gfServer 并尝试使用命令查询。参见例如，您可以通过以下命令查看服务器状态：

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blat是绿色的命令行发送命令的工具，使用简单，效率比较高

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Blat 是一个命令行发邮件的小工具，仅支持简单的SMTP协议，需要SMTP服务器的支持。据说现在新申请的邮箱已经不支持SMTP服务了，是为了抑制垃圾邮件而采取的措施。但是，Blat也是一个非常方便的小工具，基本上可以满足一般人的需求。提供下载链接地址： blat262.full.zip（Blat.exe V2.6.2、Blat.dll V2.6.2、Blat.lib ） ht

blat安装包和详细使用说明--亲测好用

07-23

blat 实现bat脚本发送邮件，亲自编写文档，测试好用，含安装包和使用说明文档（内含bat命令）；一、下载和安装二、bat脚本三、脚本参数解析四、其他。下载即可，少走弯路、

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weixin_33831673的博客

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由于部门老大做SVN的自动发送邮件，但是由于服务器是windows，虽然邮件客户端很多，但是基于命令行的客户端还是很少的，后面老大就找到了blat.exe这个软件，由于他多次尝试失败，就让我测试，经过测试，发现非常的简单，功能挺强大，是一款很不错的开源工具！ BLAT官网：http://www.blat.net/ 采用版本：blat3217 （6...

Windows下才有blat进行命令行邮件发送

weixin_30873847的博客

02-22

408

1、先下载blat.exe文件，下载地址：https://sourceforge.net/projects/blat/files/ 2、解压后只需要blat.exe即可，进入此文件夹，运行如下脚本进行blat测试，其邮件正文必须采用预先定义的文件读取，如下的channel.txt @echo off :: blatt安装目录 set _extendDir=E:\myFiles\pro...

UCSC RefSeq下载