2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）

• 5.5 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA
  • 需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高
    • 能在基因组DNA中找到外显子
    • 比对时考虑基因组DNA包含的测序错误
    • 有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题
    • 有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点
  • 用标准集去评估基因组比对效果
    • 时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可以得到全局比对工具LAGAN灵敏度最高，局部比对工具（如BLASTZ）在编译区段的比对更加精确
  • PatternHunter：非连续的种子提高灵敏度
    • PatternHunter在匹配位点中间加入错配位点，提升了速度与灵敏度（描述了两种模型）
    • 以匹配为1，错配为0为例，模型格式如下：
      • BLASTN：11111111111
      • PatternHunter：110100110010101111（另一种11101001010011011）
      • 原因：在相邻种子匹配之间会共享的剪辑很少，使得匹配比使用连续种子模型更加独立
    • BLASTZ和MegaBLAST等同源蛋白质搜索算法也用到了该策略
      • 图示